Folkekirken nyder stor tilslutning i Næstved Kommune, hvor 80,7 % er medlemmer mod 73,8 % på landsplan (2021). Næstved Kommune og Næstved Provsti dækker det samme geografiske areal. Provstiet består af 40 sogne fordelt på 19 pastorater med 26 menighedsråd og 36 præster. Det mindste sogn er Vrangstrup med kun 87 indbyggere, mens det største er Sankt Peders Sogn med 9.700 indbyggere.
Marie Toft, der var ejer af herregården Rønnebæksholm, åbnede godset for tilhængerne af de religiøse vækkelser og holdt gudelige forsamlinger i samarbejde med præsten J.G. Willemoes. I løbet af 1840’erne lærte hun N.F.S. Grundtvig at kende, og han drejede vækkelserne over i en mere national-folkelig retning, og Rønnebæksholm blev et samlingspunkt for grundtvigianisme. Toft og Grundtvig blev gift i 1851, men i 1854 døde Toft i barselsseng efter fødslen af Frederik Lange Grundtvig.
Området har været rigt på missionshuse, hvoraf en del er bevaret. Fremhæves kan Bethesda i Karrebæksminde, der blev opført som menighedspleje i 1880, Nain fra 1886 i Næstved, Saron fra 1896 i Sandby, Betania fra år 1900 i Menstrup og missionshuset i Rejnstrup fra samme år. Missionshuset i Sandby og Nain blev solgt i hhv. 2001 og 2010.
Den katolske kirke er forankret i Næstved med sognekirken Vor Frue Kirke, hvis sognepræst er redemptorist, dvs. medlem af redemptoristordenen, et katolsk ordenssamfund, der blev grundlagt i 1732. Kirken holder messe på polsk en gang om måneden, og den katolske Vor Frue Skole med 440 elever er tæt knyttet til kirken. Tidligere havde Elisabethsøstrene et kloster og et hospital i Næstved. Hospitalet (indviet 1923) blev dog omdannet til alderdomshjem i 1968, og i 1980 blev det overtaget af Næstved Kommune og fungerer nu som sundhedscenter. Klosteret var beboet af ordenens nonner indtil 2004, hvor de solgte det. I dag fungerer det som vandrehjem. Elisabeth-søstrene er dermed ikke repræsenteret i Næstved mere.
I kommunen ligger frikirkerne Næstved Bykirke, Birkebjergkirken, der er tilknyttet Det Danske Missionsforbund, og Sjølundkirken, der rummer Apostolsk Kirke og Pinsekirken. Frelsens Hær er aktive med en menighed, der både driver genbrugscenter og krisehjem i Næstved. Næstved Adventistkirke er tilknyttet Syvende Dags Adventisterne. Indre Missions missionshus i Næstved, Nain fra 1886, blev solgt i 2010.
De forskellige kristne kirkesamfunds præster og ledere mødes i Næstved Økumeniske Præstegruppe for at inspirere hinanden og samtale om troen samt arbejde på fælles projekter og gudstjenester.
I Næstved ligger flere moskéer, herunder Næstved Camii/Tyrkisk Islam Kulturforening, som er en del af Diyanet, Dansk Tyrkisk Islamisk Stiftelse, det største muslimske trossamfund i Danmark (anerkendt 2006). Derudover findes det arabiske Multikulturel Center/Arabisk Kultur Center, som blev grundlagt i 2013. Semerkand Ungdom, som udspringer af det tyrkiske miljø og er rodfæstet i sufismen, findes også i kommunen. I Næstved ligger et hinduistisk tempel.
