I Nordfyns Kommune er 85,4 % af indbyggerne medlemmer af folkekirken. Det er den højeste medlemsprocent af de fynske kommuner og ligger pænt over landsgennemsnittet på 74,3 % (1. jan. 2020). Medlemsprocenten ligger på over 80 % i alle kommunens sogne. Kommunen omfatter alle 27 sogne i Bogense Provsti i Fyens Stift. De fleste er landsogne, og ti sogne har under 500 indbyggere. Det giver udfordringer for den kirkelige betjening, og ni ud af de i alt 13 pastorater er flersognspastorater.
De fynske vækkelser i 1800-tallet satte sig enkelte spor i sognene. Før 1840 var der en kortvarig herrnhutisk vækkelse i provstiet. Lars »Møller« Pedersen, født på Sværup Mølle ved Bredbjerg, var vækkelsesprædikant på Nordfyn i 1850’erne, og hans søstersøn Jens Hansen blev mormon og missionerede bl.a. på Nordfyn, indtil han emigrerede til Utah i USA. Indre Mission fik kun få bastioner på egnen, bl.a. i Otterup med missionssal fra 1908 og i Bogense med missionshus fra 1899. Der er ingen aktive missionshuse i kommunen i 2020.
Af grundtvigianske præster kan nævnes Sophus Theodor Balslev, der var præst i Søndersø 1892‑1918, og svigersøn til den ligeledes grundtvigianske Vilhelm Birkedal i Ryslinge. Præsterne ved Hårslev Kirke hed i mere end 100 år Balslev.
Friskolestifter og senere Venstrepolitiker Klaus Berntsen var i 1882 medstifter af Særslev Højskole. Den blev i 1938 til ungdomsskole og fungerer fortsat på et grundtvig-koldsk værdigrundlag; siden 2006 under navnet Nordfyns Efterskole. I 2001 dannedes Nordfyns Valgmenighed med den tidligere hjælpepræst ved Otterup Kirke, grundtvigianeren Hanne Hoffbeck Wilian som præst. Valgmenigheden lukkede i 2008 pga. faldende medlemstal efter Wilians fraflytning i 2005.
