Konsekvensen af, at menigheden ikke længere havde midler til hverken at vedligeholde eller stå for gennemgribende istandsættelser af bygningskomplekset, var, at den danske stat i 1994 overtog ansvaret for kirkens bygninger med en aftale om, at den tyske menighed forsat skulle have brugsretten over bygningerne.
En gennemgribende restaurering af bygningskomplekset blev herefter gennemført af Slots – og Ejendomsstyrelsen i årene 1994-1999 ved arkitekt Hans Munk Hansen. Restaureringen blev gennemført efter det princip, at alle ændringer skulle være reversible, hvis der i fremtiden skulle opstå nye behov eller ændret smag.
Kirken blev igen åbnet for dagslyset. Man åbnede det store tilmurede vestvindue og isatte klart glas i alle kirkens vinduer, da de eksisterende farvede ruder med nygotiske glasmalerier var meget mørke og dertil kom, at en del også var ødelagte.
Den nordligste del af tværskibet, der blev tilføjet korskirken i 1691, blev med en muret væg udskilt fra selve kirkerummet og indrettet til menighedssal, mens der i krypten under salen blev indrettet forskellige servicerum. Udskillelsen af kirkeskibe ændrede balancen i kirkerummet, der nu havde et helt symmetrisk korsformet grundplan.
Man genetablerede kirkens hovedakse. Den store spidsbuede åbning mellem tårnrum og hovedskib blev igen åbnet og befriet for træskillevægge, og vestportalen til kirken blev genskabt. Vest-øst-aksen blev ført videre op til alteret, der blev rykket frem og placeret på aksen midt i koret. Kirkens faste stolestader blev koncentreret i hovedskibet. Orglet, der havde stået i vest, blev flyttet til nordskibets midterfag.
De skadede dele af gravkapellerne blev istandsat eller udskiftet og alle tage dækket med nye, håndstrøgne vingetegl. Flere af de epitafier, som gravkapellerne rummer, var ved at falde ned, da deres forankringer i muren var rustet op. De blev demonteret og genopsat. I gravkapellernes vandrehaller var der opstillet en del kister fra nyere tid. Disse slørede vandrehallernes rumforløb og blev derfor nedsænket i ledige krypter under gulvet. Endelig blev der etableret et kolumbarium til urnebisættelser i et af sidekapellerne i sydfløjen.