Sebber Kirke er den eneste bevarede del af nonneklosteret Sebber Kloster, der blev nævnt første gang i 1268, men sandsynligvis er ældre. Alle klosterets øvrige bygninger forsvandt i tiden efter Reformationen. Sporene efter gallerier i kirken tyder på, at klosteret må have ligget vest for kirken, men om det var mod nord eller syd, vides ikke. Den nuværende Sebbergård er det sidste tilbageværende minde om den ladegård, som i middelalderen lå ved klosteret.
