Renæssancens kirkebyggeri, hvoraf der findes ganske lidt på landsbasis, er repræsenteret ved Sønder Kongerslev Kirkes usædvanlige ottekantede tårn fra 1500-tallets anden halvdel. Typen har kun ganske få paralleller i Danmark, herunder Astrup Kirke i Mariagerfjord Kommune. To af kommunens romanske kirker, Sønderholm og Sulsted, rummer desuden bemærkelsesværdige kalkmalede dekorationer fra 1500-tallets midte. I førstnævnte kirke mellem Nibe og Aalborg blev udsmykningen i 1556 bekostet af godsejer Kirsten Friis. Motiverne omfatter gammel- og nytestamentlige temaer, men også rankeslyng og en anefrise bestående af 32 våbener for familien til ovennævnte donator og hendes mand, Gabriel Gyldenstierne. På de fornemme udmalinger fra 1548 i Sulsted Kirke i kommunens nordligste del findes ikke kun sjældne scener fra Kristi lidelseshistorie, men også en detaljeret fremstilling af tidens dragter.
I flere af kommunens kirker blev der i denne periode doneret inventar fra kirkernes ejere, herunder flere renæssanceprædikestole. I Ajstrup Kirke er stolen bekostet af Søren Christensen Skriver i 1589, i Bislev Kirke af Christopher Mikkelsen Tornekrans og hustru Dorte Juul i 1588, og i Hals Kirke bærer våbenskjoldet på prædikestolen initialerne HGS for Henrik Gyldenstierne, der i 1563 overtog Vitskøl Kloster, hvortil Hals Kirke hørte. I Mou Kirke findes en enestående lutheransk fløjaltertavle med skriftord fra 1582 samt på altertavlens fodstykke våbenskjold for slægterne Lykke og Brahe. Blandt det rige barokinventar i Budolfi Kirke i Aalborg er den forgyldte barokaltertavle, der blev opstillet i 1689. Tavlen, der er skåret af Lauridtz Essenbæk fra Essenbæk Kloster sydøst for Randers, har en for datiden typisk opbygning. På alterets fodstykke ses nadveren, hovedfeltet viser korsfæstelsen, topstykket gravlæggelsen, mens den sejrende Kristus udgør alterets afslutning opefter. Hovedfeltet flankeres af Moses og Johannes Døberen, mens de fire apostle pryder alterets fløje. Hverken billedforløb eller formsprog repræsenterer nogen fornyelse i tiden, men grundet sin veldisponerede og sikre udformning hører tavlen til blandt landets bedste barokaltertavler.
Byggeriet af kommunens forholdsvis store bestand af kirker fra nyere tid er groft sagt sket i to bølger, hvoraf den første ligger i 1900-tallets første tredjedel. Den anden, der langt overvejende er sket i takt med Aalborgs ekspansion, tog fart fra 1950’erne og frem. Af førstnævnte gruppe kan fx nævnes den nordenfjords liggende Vodskov Kirke, der er arkitekt P.V. Jensen-Klints første kirkeprojekt. Den blev indviet d. 6. juni 1909 som en filial under Hammer Kirke, men blev i 1985 udskilt som selvstændig sognekirke. Den historiserende bygning er hovedsagelig opført af håndstrøgne teglsten i en blanding af romanske og gotiske stiltræk, der refererer til de danske landsbykirkers sammensatte karakter. Mod øst afsluttes kirken således af en nyromansk apsis, der på facaden prydes af en rundbuet arkadeblænding af bornholmsk granit; sideskibenes blændingsgavle og det høje vesttårn henviser derimod til gotiske forbilleder. Apsishvælvingens farverige kalkmaleri, der forestiller Sankt Kristoffer med Jesusbarnet, er udført af Rudolf Rud-Petersen, sekunderet af Niels Larsen Stevns. Rud-Petersen udsmykkede siden flere kirker, også i Aalborg Kommune, herunder med altertavlens maleri fra 1954 i Volsted Kirke.
Dokkedal Kirke, der ligger ud til Kattegat nord for Lille Vildmose, føjer sig til den produktive kirkearkitekt Holger Jensens lange række af kirkebygninger. Den teglbyggede og hvidkalkede kirke blev indviet i 1965 og er som flere af samtidens kirker opført med en planløsning, der tilgodeser menighedens mange behov, herunder fx venterum, konfirmandstue og ligkapel. Anlæggets sammensatte karakter understreges af det lave klokketårn, opført i stål og træ, der hæver sig over sidefløjen. I kirkerummet er inspirationen fra det ældre kirkebyggeri til stede ved den høje, rundbuede korbue af fyrretræ, der danner overgang til koret. Alterudsmykningens tre forgyldte bronzerelieffer er udført af Hein Heinsen. Et andet, lidt yngre eksempel på kommunens moderne kirker er Gug Kirke i Aalborgs sydlige udkant, der er opført 1971‑73 efter tegning af arkitekterne Inger og Johannes Exner. Materialet er pladsstøbt beton med diagonal breddeforskalling, og udvidelsen mod syd fra 1996 er ligeledes i beton med ru og glatte vandrette bånd. Overgangen mellem de to bygninger er et glasbygget indgangsparti. Den oprindelige del er bygget med hensyntagen til det skrånende terræn og består af fire kuber af varierende størrelse. Foruden kirkesalen rummer bygningsdelene bl.a. våbenhus og kontorer. Til kirken er knyttet et fritstående, træbygget klokketårn (kampanile), og komplekset refererer dermed til arkitektparrets lidt ældre Nørrelandskirken i Holstebro, der også har et fritstående klokketårn.
Af kommunens moderne kirkekunst kan endvidere nævnes Per Kirkebys totaludsmykning 1996‑2002 af den romanske Frejlev Kirke, der i øvrigt var kunstnerens første kirkeudsmykning. Projektet er et vellykket eksempel på en moderne kunstnerisk udsmykning af et gammelt kirkerum. Kirkeinventarets rammeværk, fyldninger, loft og loftsbjælker er malede i forskellige farver. Alterbordet er udført i patineret bronze og kan i sin overordnede form minde om de middelalderlige alterbordsforsider, der kendes fra eksempelvis Sahl og Lisbjerg. Som alter har kirkens gamle, senmiddelalderlige korbuekrucifiks fundet anvendelse, mens det tidligere alterbillede fra 1860 nu hænger på skibets sydvæg. Tolkningsmæssigt rummer udsmykningen mange subtile lag, der kredser om liv, død og skabelse. Frejlev Kirke står efter endt restaurering som et særligt fornemt eksempel på en både respektfuld og udfordrende kunstnerisk dialog mellem tradition og modernitet.
Af andre eksempler på en lignende dialog bør nævnes kirkerne i hhv. Klarup, Mou og Hasseris. I Klarup Kirke findes en glasmosaik udført af Sven Havsteen-Mikkelsen i 1971. Glasmosaikken, der findes i kirkens tårnrum, trækker på en udsmykningstradition, der i kirkelig sammenhæng går tilbage til middelalderen. Havsteen-Mikkelsens mosaik har imidlertid et umiskendeligt moderne præg. I Mou Kirke kan fremhæves det altertæppe, som efter forlæg af Maja Lisa Engelhardt blev vævet til kirken i 2008. Den lokale billedkunstner Niels Helledie bidrog i 1995 til nyudsmykningen af Hasseris Kirke, der blev opført i 1956.