De kirkelige retninger grundtvigianisme, Indre Mission og siden KFUM prægede det folkekirkelige liv i byen, men mange ældre vækkelser slog også rod i Aalborg. Den stærkeste grundtvigianske påvirkning fandtes i de gamle bykirker, særligt i Klosterkirken. Det grundtvigianske foreningsliv var præget af Aalborg Højskoleforening, der blev oprettet i 1884, og som opførte højskolehjemmet, der fik sin endelige beliggenhed på Boulevarden. Her samlede den mest liberale del af den grundtvigianske bevægelse sig, først og fremmest repræsentanter for frimenighederne og højskolebevægelsen. Kirkeligt Samfund (fra 2007 Grundtvigsk Forum) har haft kredse i sognene nordvest for Nørresundby.
Mogens Sommer var lægprædikant med baggrund i de grundtvigianske vækkelser på Fyn, men han blev også præget af kvækerne i sin kritik af folkekirken. I Aalborg, hvor Sommer flere gange prædikede, var P.C. Kierkegaard grundtvigiansk biskop, men det kom til kontroverser mellem biskoppen og Sommer, der blev arresteret og fik forbud mod at prædike i kirkerne. Han tilsluttede sig socialisterne under Louis Pio, men blev i 1872 udstødt af partiet. Omkring år 1900 var der endnu betydelige kredse af sommerianere i Vendsyssel og omkring Aalborg.
I 1912 købte Husmændenes Udstykningsforening for Aalborg Amt herregården Store Restrup, hvor man oprettede husmandsskole og friskole. Kredsen dannede en lille frimenighedskreds, der blev månedligt betjent af præsterne fra Støvring-Trængstrup Frimenighed. Friskolen og husmandsskolen blev nedlagt i 1970.
Baptistmenigheden er den ældste religiøse bevægelse i Nordjylland, og mormonerne fulgte hurtigt i baptisternes kølvand. I 1850 kom de første amerikanske repræsentanter til Danmark, og de døbte otte personer i Aalborg. I 1851 vendte mormonlederen Erastus Snow tilbage til byen og foranledigede, at en række nordjyske mormoner udvandrede til Utah. Aalborg var centrum for bevægelsen i Nordjylland, hvorfra mange udvandrede og opnåede betydelige stillinger inden for den amerikanske organisation. Omkring 1880 svækkedes bevægelsen, men forsamlingshuset i Valdemarsgade blev opført i 1907. Organisationen er i dag virksom i Aalborg med Jesu Kristi Kirke af Sidste Dages Hellige på Riishøjsvej.
Metodismen kom til Danmark i 1858. Ejeren af gården Sohngårdsholm og dennes hustru var af engelsk metodistisk afstamning. De ønskede at aflønne en prædikant, hvis bevægelsen ville sende en til Aalborg. I 1863 blev en norsk præst ansat, men arbejdet gik i stå efter 1864, og initiativet blev flyttet til Frederikshavn. Herfra kom i 1883 en ny præst til Aalborg. I 1896 blev Emanuelskirken i Dalgasgade opført, men den måtte i 1960’erne give plads for byggeriet af Aalborg Sygehus Nord.
Det Danske Missionsforbund, der er en aflægger af Svenska Missionsförbundet, kom til Aalborg i 1880’erne og etablerede sig i 1886 som en kirkelig missionsforening. I 1898 fik foreningen et missionshus i Korsgade. Ved gadeudvidelse overtog Aalborg Kommune huset, men forærede missionsforeningen en ny grund på Urbansgade, og i 1928 blev det store missionshus Bethania opført her. Fra 1930’erne havde missionen stor fremgang med søndagsskolearbejde og spejderbevægelse. Den nye Bethaniakirke blev indviet i 1966 og har i dag ca. 300 medlemmer. Der er menigheder af Missionsforbundets netværk i Tylstrup Frikirke og Vadum Kirkecenter.
Den irvingianske kirke, katolskapostolske kirke, var grundlagt af den skotske præst Edward Irving. I Aalborg havde kirkesamfundet siden 1887 kirke i Rantzausgade. Præster kunne kun ordineres af Irvings apostle, og da den sidste døde i 1971, ophørte kirken med at eksistere.
I 1888 holdt Frelsens Hær under betydelig modstand sit indtog i Aalborg, hvor de lejede lokaler i Møllegade, der på det tidspunkt lå i et berygtet kvarter. I 1915 opførtes en moderne bygning på Møllepladsen, hvor Frelsens Hær stadig holder til.
Indre Mission havde besvær med at etablere sig, da der var så mange andre aktive kirke- og menighedsdannelser i byen, men i 1892 blev missionshuset Tabor i Saxogade endelig indviet, og i 1912 fulgte missionshuset Bethesda efter. Der er Indre Mission-kredse eller missionshuse i Frejlev, Nibe, Gandrup, Vester Hassing og Nørre Tranders.
I 1894 talte stiftsprovst Hall fra Norge for over 1.000 unge i »Kilden« i Aalborg, hvilket lagde grunden til KFUM i byen. KFUM fik først til huse i Tabor, men i 1906 købte bevægelsen en tidligere restaurant, hvis lokaler snart blev for trange, og i 1911 kunne landsformanden Olfert Ricard indvie KFUM’s nye foreningsbygning mellem Danmarksgade og Jernbanegade med festsal, foreningslokaler, soldaterhjem og pensionat.
Menighedshjemmet i Danmarksgade blev opført i 1894 med forsamlingssal, bolig for diakonisser og fattigkøkken. Det rummer i dag restaurant. Kirkens Korshær er aktiv flere steder i kommunen, herunder i Aalborg, Nørresundby og Svenstrup. Blå Kors driver Den Sociale Café Hjerterummet. Aalborg Sømandshjem blev oprettet i 1905 af Indenlandsk Sømandsmission, men drives i dag som hotel.
De Samvirkende Menighedsplejer opførte i perioden 1943‑45 sygehjem met for kronisk syge, Søster Kathinkas Hus, ved Sdr. Skovvej.
Pinsekirken havde fra 1926 forskellige adresser, men har siden 1969 med sine ca. 200 medlemmer organiseret sig som Aalborg Citykirke. Apostolsk Kirke indgår i et frikirkeligt netværk og har sin mødesal i Vejgård. Adventisterne samles i Adventistkirken i Christiansgade og tæller ca. 60 medlemmer. Exodus-Kirkens oprettelse skyldes, at sognepræsten i Skibsted Ruben Jørgensen i 1976 blev afskediget fra folkekirken som følge af sit krav om oplæring af dåbsforældre. Han dannede efterfølgende den lille frikirke.
I 1898 ankom to katolikker af hospitalsordenen kamillianerne (grundlagt 1582 i Rom) til Aalborg for at grundlægge et sogn og oprette et sygehus. De erhvervede en villa på Kastetvej, hvor der blev opført en kirke og et sygehus med medicinsk og kirurgisk afdeling og senere også tuberkuloseafsnit. I 1926 blev den nye katolske kirke, Sct. Mariæ Kirke, der fik form som Karl den Stores kapel fra 800-tallet i Aachen, indviet. Den romerskkatolske kirke har i dag endvidere en række mindre menigheder, også kaldet sproggrupper (engelsk, vietnamesisk, polsk, kaldæisk og tamil), da mange medlemmer er migranter, der er kommet til Danmark fra mange forskellige dele af verden. I 1982 opgav Kamillianerordenen at drive sygehus i Danmark, og efter en tid som asylcenter blev bygningerne i 1999 omdannet til KamillianerGaardens Hospice med støtte fra det daværende amtsråd.
Aalborg Valgmenighed (stiftet 2004) er tilknyttet DanskOase; en kristen bevægelse inden for det konservative kristne landskab i Danmark. Valgmenigheden udspringer af en gruppe, der tidligere var aktiv i sognekirken Sankt Markus i Aalborg, men som ønskede større selvstændighed og derfor valgte at organisere sig i en ny form. Menigheden har i dag egne lokaler i Aalborg.
Derudover rummer byen en frimenighed inden for Luthersk Mission (Aalborg Frimenighed, stiftet 1999). Mange af disse konservative valg- og frimenigheder med tilknytning til folkekirken danner i disse år selvstændige menigheder både inden for og uden for folkekirken, hvilket kan ses som en klar tendens. Tidligere var det primært de grundtvigianske miljøer, der valgte at organisere sig på denne måde.
Blandt kommunens kristne frikirker er Aalborg MenighedsCenter (AMC) med egen mødesal og Kristent Centrum. Kristent Centrum i Aalborg har spillet en særlig rolle i udviklingen af den kristne missionsorganisation Mission Danmark, som er ledet af prædikant Hans Berntsen, og som organiseres fra Aalborg. Berntsen har baggrund i det baptistiske miljø i området, men han forlod Baptistkirken og var en af hovedkræfterne bag Kristent Centrum, som hurtigt fik menigheder mange steder i landet. Senere forlod Berntsen Kristent Centrum og grundlagde Mission Danmark og har siden organiseret en lang række missionsmøder over hele landet, hvor helbredelser og forbøn er en central del af indholdet.
Der er globalt set en stor vækst i de karismatiske kristne grupper, hvilket er begyndt at afspejle sig i lokale danske sammenhænge, ofte som migrantmenigheder med baggrund i fx afrikanske, latinamerikanske eller nordamerikanske lande. Frikirken International Church kan ses som et eksempel på en sådan karismatisk kristen menighed. Derudover finder man blandt de nyere menigheder Gadekirke Aalborg, som har sin primære mission på gaderne i byen om aftenen og natten, og en tamilsk kristen forening, som benytter Nørresundby Baptistkirkes lokaler.
Blandt de nyere menigheder er også kristne grupper med en mellemøstlig og/eller arabisk baggrund. Her kan nævnes Church of Love, som mødes i Bethaniakirken, og Verdens Lys, som benytter en lokal sognekirke; derudover er der endnu en arabisk menighed, der mødes i Bethaniakirkens lokaler. Nogle af disse menigheder er især aktive i forhold til flygtninge og indvandrere, bl.a. Bethaniakirken, der udfører arbejde i relation til Brovst Asylcenter. Folkekirkens Hus, der blev indviet i 2016 i den tidligere Nationalbankfilial på Gammeltorv i Aalborg, danner ramme om folkekirkens kirkelige og kulturelle formidling samt sociale aktiviteter.
