Som resten af Amager tilhørte Store Magleby biskoppen i Roskilde indtil 1416, hvor den blev en del af kongens besiddelser.
Omkring 1521 gav Christian 2. en gruppe bønder fra Holland lov til at bosætte sig på Amager, og de fik jord i Store Magleby. Hollænderbønderne indførte det særlige amagerbrug, som var en kombination af dyrkning af korn og grøntsager. Deres speciale var hvidkål. Metoden krævede tilførsel af gødning, som bl.a. kom i form af latrin fra københavnske lokummer. Landsbyen Store Magleby var i 1600-tallet Danmarks største. I 1658, under svenskekrigene, brændte byen ned.
I begyndelsen af 1800-tallet blev landsbyjorden udskiftet, og da byen på samme tid blev ramt af store brande, bl.a. i 1809, 1821 og 1842, satte det gang i udflytningen af en del gårde.
Det vidtstrakte græsningsområde Store Magleby Fælled, som bønderne ejede i fællesskab, blev gennem 1800-tallet efterhånden bebygget med gårde og husmandssteder.
Store Magleby-bønderne havde tradition for fællesskab om bestemte opgaver, som gik tilbage til de kongelige privilegier fra 1500-tallet, men som efterhånden ophørte, bl.a. drev de en fælles mølle indtil 1912; den særlige retsordning var dog allerede faldet bort i 1818.
Under 1. Verdenskrig måtte en del af bønderne afgive jord til befæstningsanlæg m.m. Til gengæld kunne de afsætte grøntsagerne til eksport til høje priser.
Gartnerierhvervet ændrede sig i løbet af 1900-tallet, så man nu dyrkede finere grøntsager i drivhuse og mistbænke frem for på friland som tidligere. Brug af latrin som gødning ophørte, i takt med at lokummerne i København blev erstattet af wc’er.
Gartnerierne, der havde ligget omkring landsbyen, flyttede væk fra Amager pga. lufthavnens udvidelser. Mange gartnerier blev afløst af fritidslandbrug med bl.a. opstaldning af rideheste. På Store Magleby Fælled blev der anlagt en golfbane i 1991 og en campingplads i 2007.