I middelalderen bestod Fuglebjerg af en kirke og en samling gårde, herunder herregården Fuglebjerggård. Højskolen Hindholm blev oprettet i 1852. Byen voksede frem ved krydsningspunktet for landevejene fra Næstved, Slagelse, Sorø, Korsør og Skælskør. Jernbanen mellem Næstved og Slagelse, der åbnede i 1892, gik Fuglebjerg forbi, men alligevel voksede byens befolkningstal støt fra midten af 1800-tallet, hvor mange håndværkere og forretningsdrivende slog sig ned i byen.
Fuglebjerg Kro, der havde fået kongelig bevilling i 1692, rummede midt i 1800-tallet også købmandshandel, bageri og maltgøreri. Fuglebjerg var i den følgende tid centrum for egnens politiske virke, og kroen fungerede som samlingssted for byens og omegnens borgere. I byen var desuden postkontor, telegraf- og telefonstation, sparekassefilial, apotek (1857), alderdomshjem (1919) og skole.
Indbyggertallet voksede fra 650 i 1921 til 918 i 1950. I løbet af 1900-tallet opstod der flere større virksomheder i Fuglebjerg, herunder maskinfabrikken HAKA (1946), der fremstillede vandvarmere og vaskemaskiner. I 1969 gik tre brugsforeninger i området sammen om at etablere en fælles Brugsen for Fuglebjerg og Omegn. Brugsens nye bygning opførtes på Byagervej, hvor der udviklede sig et mindre butikscenter. Fuglebjerg fik biograf, rutebilstation (1938) og fjernvarmeværk (1964).
Indre Mission stod stærkt i Fuglebjergområdet. I 1922 var det gamle missionshus fra 1883 blevet for lille, og der opførtes et nyt missionshus centralt i byen. Som afløser for sognets for- og hovedskole blev der bygget en ny skole i 1934, og fra 1942 rummede den også byens bibliotek. I hovedbygningens vestgavl indrettedes kommunekontor, der fungerede, indtil en ny administrationsbygning opførtes i 1968. Fuglebjerg kunne i 1967 indvie byens nye idrætshal; ved hallen blev anlagt en ny sportsplads, der stod klar i 1968.
Fra 1966 og frem til Strukturreformen i 2007 var Fuglebjerg administrativt center i Fuglebjerg Kommune. Fuglebjerg voksede mod syd med parcelhusområderne Prinsessekvarteret fra 1960’erne og Pipkvarteret fra 1970’erne. Herefter fulgte Dalgårdskvarteret i 1980’erne og endelig Dyres Kvarter fra begyndelsen af 00’erne. I denne periode steg indbyggertallet fra 1.094 i 1970 til 1.767 i 1990; i 2006 lå tallet på 1.959.
