I Aabenraa Kommune er 78,9 % af indbyggerne medlemmer af folkekirken, hvilket ligger over landsgennemsnittet på 74,3 % (2020). Aabenraa Kommune har i alt 20 sogne, der ligger i Aabenraa Provsti og betjenes af 28 præster. Med 19 menighedsråd er der ansat flere præster i en del pastorater. Der er fem flersognspastorater, fx det store tosognspastorat ved grænsen, Bov-Holbøl, med to menighedsråd. Hertil er knyttet tre faste præster i hhv. Bov, Kollund og Holbøl med fælles kirkeadministration i Bov. I 1971 blev der i Bov Sogn bygget en ny distriktskirke i Kollund.
Aabenraa Provsti har siden 1850 undergået forandringer, idet de fleste sogne i det gamle Lundtoft Herred (Uge, Holbøl, Felsted og Ensted) blev overført fra Tønder Provsti til Aabenraa Provsti. Kliplev Sogn fulgte efter 1864-krigen og Bov Sogn efter Genforeningen i 1920. De slesvigske krige fik betydning i provstiet, idet søgningen til gudstjeneste og altergang under tysk herredømme blev noget mindre. Nordslesvigsk Indre Mission holdt vækkelsesmøder i Aabenraa, Bjolderup, Hellevad, Holbøl, Løjt, Rise og Uge Sogne, men uden den store tilslutning.
Den nationale kamp op til og under 1. Verdenskrig manifesterede sig i oprettelsen af flere grundtvigske frimenigheder, bl.a. i Aabenraa. Her opførtes 1903‑04 en frimenighedskirke, der fra 1924 blev kaldt Sankt Jørgens efter foreningen Sct. Jørgen, der havde overtaget kirken to år forinden. I 1948 blev den sognekirke i folkekirken. De to præster i Aabenraas Sankt Nicolai Kirke, som betjente hhv. den danske og den tyske del af menigheden, forblev i deres embeder efter Genforeningen i 1920, en ordning, som eksisterer den dag i dag. Den katolske menighed byggede i 1937 Sankt Ansgar Kirke. Rønshoved Højskole ligger i Kollund og er stiftet af den grundtvigske højskolemand Aage Møller lige efter Genforeningen. En nutidig efterskole ved grænsen er Deutsche Nachschule Tingleff.
I mellemkrigstiden omfattede Den nordslesvigske Frimenighed, der siden 1923 havde hørt under den slesvig- holstenske kirkes styrelse, 14 tyske rejsepræster i Sønderjylland tillige med brødremenighedens tyske præst i Christiansfeld. Stridigheder kunne forekomme, og i Bov Kirke blev de løst ved at holde høstgudstjeneste tre søndage i træk for hhv. tyskere inden for folkekirken, danskere og den tyske frimenighed på stedet. De tyske præster blev pga. nazificeringen i Den nordslesvigske Frimenighed bortvist ved Befrielsen i 1945. Der var herefter kun fire tyske folkekirkepræster tilbage i købstæderne, herunder i Aabenraa, som skulle betjene det tyske mindretal i Sønderjylland, hvoraf en hel del medlemmer også var arresteret og straffet. I 1948 gav Haderslev Stifts biskop, Carl W. Noack, tilladelse til, at Den nordslesvigske Frimenighed kunne organiseres på ny, bl.a. med gudstjenester i Felsted og Tinglev.
Aabenraa Frikirke er en del af Det Danske Missionsforbund og stiftet i 1938.
I Aabenraa er der to muslimske trossamfund. Aabenraa Moske blev stiftet i 1991 og anerkendt som trossamfund i 2006. Moskéen er en del af Dansk Tyrkisk Islamisk Stiftelse, Diyanet, som er det største muslimske trossamfund i Danmark. Derudover findes en bosnisk gruppe, der er en del af Islamisk Trossamfund af Bosniakker i Danmark (anerkendt som trossamfund i 2001). I Aabenraa ligger der også et srilankansk- tamilsk hindutempel, Sri Nagapoosani Amman Temple.
