Religion og trossamfund i Morsø Kommune, 83,9 % af Morsø Kommunes indbyggere er medlemmer af folkekirken mod 75,9 % (2017) på landsplan. Morsø Provsti ligger i Aalborg Stift og rummer 33 sogne, 9 pastorater, 12 sognepræster og 23 menighedsråd.
Den grundtvigianske vækkelse kom til Mors med præsten J.C. Sørensen og fik fremgang under dennes huslærer Christen Kold i Solbjerg-Sundby. I 1837 blev Kold konstitueret som lærer i Øster Jølby, hvor han holdt forsamlinger. I 1861 kom en række unge grundtvigianske præster til Mors, hvor de samlede en meget stor kreds. Nadveren blev samlingspunkt for de nye vakte på Midtmors. Loven krævede dog, at man skulle gå til alters i sit eget sogn, hvilket var et problem for de vakte, som dermed ikke kunne mødes ved nadverbordet. Derfor dannede de en valgmenighed og byggede Ansgarskirken i Øster Jølby (indviet 1871). Altertavlen af Christen Dalsgaard viser Ansgars dåb af et lille barn og har dermed et danmarkshistorisk, ikke et bibelsk motiv. I kirken tog pastor Rasmus Lund konfirmander til alters allerede på deres konfirmationsdag, lod folk nyde nadveren uden syndsforladelse, og i 1881 lod han en ukonfirmeret pige på ni år deltage i nadveren. Dette medførte streng irettesættelse fra biskoppen, men praksis fortsatte i Ansgarskirken, og Lund blev frataget anerkendelsen som præst i 1883, hvorefter menigheden organiserede sig som frimenighed. Den blev særdeles levedygtig gennem friskolen og forsamlingshuset og siden 1940 Ansgarshjemmet for ældre. I 2016 var der over 1.500 medlemmer af frimenigheden.
I Galtrup blev højskolen (oprettet 1864) senere omdannet til ungdomsskole, nu musik- og idrætsefterskole i grundtvig-koldsk ånd.
Inden for folkekirken organiserede Indre Mission sig med opførelsen af en række missionshuse fra 1890. Der er Indre Missionkredse i Nykøbing M og i flere sogne på øen. Kirkens Korshær og Blå Kors er aktive i Nykøbing M. Det første arbejde med at skabe en ungdomsskole med baggrund i Indre Mission og KFUM og KFUK blev gjort i 1960 og resulterede i købet af herregården Blidstrup i Øster Assels. Skolen blev i 1962 oprettet som en selvejende institution med en skolekreds på ca. 450 medlemmer. Den er nu efterskole.
Vækkelserne på Mors har betydet, at det har været svært for andre trossamfund og kirkelige retninger at finde fodfæste. Mors er bemærkelsesværdig ved fraværet af frikirker og moderne kirke- og forsamlingsbygninger. Af ældre bevægelser findes Jehovas Vidner, frikirken Apostolsk Kirke og Frelsens Hær i Nykøbing M. I Tæbring findes Mikkelsbakke Refugium, der er åbent for alle kristne.