Folkekirken har 79,3 % medlemmer i Svendborg Kommune, hvilket ligger over landsgennemsnittet på 74,3 % (2020). Kommunen omfatter Svendborg Provsti, som ligger i Fyens Stift, med 28 sogne fordelt på 18 pastorater. Der er 20 menighedsråd, så de fleste sogne har bevaret deres menighedsråd. I provstiet er der 29 præster.
Vækkelserne på egnen var i begyndelsen ledet af lægprædikanten Johan Nielsen fra Skårupøre. Men fra midten af 1800-tallet delte bevægelsen sig i missionsfolk, hvor Johan Nielsen fortsat var den ledende personlighed, og grundtvigianere med gårdejer Christen Hansen i Vejstrup og pastor Jens Sofus Brandt i Ollerup som ledende figurer. Vejstrup Valgmenighed blev anerkendt i 1875. Vejstrup Efterskole, stiftet som højskole i 1867, har siden 1931 været efterskole med et grundtvig-koldsk værdigrundlag. Det samme grundlag har Ollerup Efterskole, stiftet i 1997. Ollerup Friskole, Vester Skerninge Friskole og Øster Åby Friskole er også baseret på det grundtvig-koldske skolesyn, ligesom Den frie Lærerskole i Ollerup, der uddanner lærere til de frie skoler. Den har til huse i den tidligere Ollerup Folkehøjskole, grundlagt i 1868 af forfatteren Anton Nielsen. Ved denne grundtvigske højskole begyndte Niels Bukh i 1914 en delingsføreruddannelse, der fra 1920 videreførtes ved den selvstændige Gymnastikhøjskolen i Ollerup.
Indre Mission fik især tilslutning i Svendborg og byggede missionshuset Siloam i 1895. Svendborg Bymission ved Vor Frue Kirke drev menighedshuset Bethel indtil 1985. Svendborg Sømandshøjskole, stiftet i 1906, og tilknyttet Indre Missions sømandsmission, fungerer i dag som søfartsskole. Missionshotellet Stella Maris fra 1904 er i dag solgt, men er fortsat hotel. Fredens Kirke blev bygget i 1932 og indviet som distriktskirke til Vor Frue Sogn i 1945. Fredens Sogn blev udskilt i 1987. I årene 1882-1995 eksisterede en metodistmenighed i Skt. Johannes Kirke, som i 1995 solgtes til erhvervsformål.
Den Katolske Kirke har Skt. Knuds Kirke fra 1887. Der findes to baptistmenigheder, Matu Baptist Church i baptistkirken Betania, bygget i 1908, og en tamilsk menighed, Bethany International Church. I Svendborg ligger Bilal Habesi Moské (Den tyrkiske Forening i Svendborg), som er en del af Diyanet, Dansk Tyrkisk Islamisk Stiftelse, der blev godkendt som trossamfund i 2006. I byen ligger også Al Quraan & Sunnah Moské.
