Syddjurs Kommune ligger i Aarhus Stift og udgøres af Syddjurs Provsti, der omfatter 32 sogne, 13 pastorater, 16 sognepræster og 16 menighedsråd. 83,7 % er medlemmer af folkekirken mod 75,9 % på landsplan (2017).
Religiøse strømninger satte i anden del af 1800-tallet deres præg på Syddjurs. Grundtvigianismen var som i det øvrige Danmark knyttet sammen med fremvæksten af højskoler og friskoler. I Ebeltoft tiltrådte Niels Julius Jensen præsteembedet i 1873. Omkring ham og hustruen opstod en stærk grundtvigiansk vækkelse med oprettelse af købstadshøjskolen Ebeltoft Højskole, der fungerede i perioden 1874‑91. En af eleverne på højskolen var i øvrigt Danmarks første kvindelige sognerådsformand, Lovise Nielsen fra Elsegårde. Højskolen Djursland (stiftet 1894) blev i folkemunde omtalt som »Døvstummeinstituttet«, da den ene forstander var døv, og den anden gik i stå under skolens indvielsestale. Højskolen lukkede efter kort tid og blev i 1897 overtaget af Indre Mission som De Helliges Højskole på Djursland og Mols og fra 1936 også efterskole under navnet Rønde Høj- og Efterskole. Efter indførelsen af en ny højskolelov i 1969 blev Rønde Højskole og Efterskole adskilt. Rønde Højskole og Efterskole bygger nu atter på et grundtvigiansk livssyn.
Af andre højskoler kan nævnes Kalø Økologisk Landbrugsskole, der blev oprettet i 1949 under navnet Kalø Landboskole, og Sproghøjskolen på Kalø fra 1952, den nuværende Højskolen på Kalø (tidl. Europahøjskolen). Den Europæiske Filmhøjskole i Ebeltoft blev indviet i 1993. På Rønde-egnen bredte den indremissionske vækkelse sig, da pastor Axel Busch kom til Feldballe, hvor han virkede 1888‑93. Pastor Peter Emil Blume, der var præst i Vistoft 1876‑83, og Aleksander Valdemar Diderichsen, der virkede i Tved 1882‑1919, bragte vækkelsen til Mols. I 1902 stod indremissionske bønder bag oprettelsen af et andelsmejeri, Skårup Andelsmejeri, der ikke modtog og forarbejdede mælk om søndagen, således at hviledagen kunne holdes hellig.
På Syddjurs blev der oprettet adskillige missionshuse, de tidligste i Tøstrup og Vistoft, begge i 1884, og senest i Rønde i 1955, der erstattede missionshuset fra 1888. De er nu alle nedlagte.
En større indvandring af polske landarbejdere til Pindstrup Mosebrug fandt sted under 1. Verdenskrig. Her dannede de polske indvandrere en forening, hvor de bl.a. indsamlede midler til opførelsen af det katolske Sankt Mikaels Kapel, der kunne indvies lige uden for Pindstrup i 1930.
Ved Esby på Helgenæs ligger et større buddhistisk center - Rangjung Yeshe Gomde.
