Syd for Skarresø løber Åmose Å vestpå langs kommunegrænsen fra Bromølletunnellen til lige syd for Øresø Mølle. På strækningen kantes åen hovedsagelig af skov og er ureguleret med et stort fald og en høj vandkvalitet.
Ved Øresø Mølle drejer åen sydpå og skifter navn til Halleby Å. Den løber herfra gennem Lille Åmose til Tissø, som den forlader igen i sydvest. Fra syd løber Bøstrup Å til Halleby Å, som fortsætter mod vest gennem et åbent, opdyrket landskab. Efter Bjerge Enge løber åen gennem det 70 ha store, statsejede engområde Fællesfolden og videre til brakvandssøen Flasken. Herfra fortsætter den til udløbet i Jammerland Bugt og Storebælt. På sin vej afvander hele åsystemet et samlet areal på ca. 525 km2.
Fiskebestanden er ganske stor og omfatter bl.a. havørred, gedde, aborre, rimte, ål, brasen, skrubbe og pigsmerling. Både isfugl, vandstær, ravn, havørn og glente ses ofte langs åen, hvor der også er fundet spor efter odder.
Åen løber gennem en lille del af fredningen af Tissø fra 1956 og fredningen af Flasken fra 1979. Næsten hele Halleby Å er desuden udpeget som habitatområde, mens strækningen til og med Tissø også er udpeget som fuglebeskyttelsesområde.
