Efter Grevens Fejde befalede Christian 3. i 1535, at der skulle anlægges en afløser for middelalderborgen Aalborghus, der blev ødelagt under feltherren Johan Rantzaus storm på Aalborg d. 18. december 1534. Det nye Aalborghus blev placeret nord for byen i strandengene tæt på Limfjorden, hvor det skulle tjene som bolig for den kongeligt udnævnte lensmand og som fæstning. Fæstningen skulle beskytte byens havn og ankerpladserne på reden samt styrke kongens position over for byens borgere, der havde stået på Skipper Clements side under Grevens Fejde.
I tidsrummet 1554‑1662 blev Aalborghus med sit havneanlæg, sine kornmagasiner, kontorer, kældre, forsvarsværker og sin garnison det administrative, økonomiske og militære administrationscenter og omdrejningspunkt i det store Aalborghus Len. Det strakte sig med større eller mindre afbrydelser fra Skagen i nord til Mariager i syd. Fra Aalborghus holdt lensmanden opsyn med lenets befolkning, varetog områdets militære forsvar, forkyndte love og forordninger og opkrævede de skatter, bøder og afgifter, som kongen havde krav på. Lensmanden havde dertil titel af stiftslensmand, da han også havde det overordnede opsyn med kirkerne i det lokale stift.
I Aalborghus’ østlige fløj boede stiftslensmanden og hans familie. Det var også i denne fløj, festsalen, våbenkammeret og værelserne til fogeder og skrivere var placeret. Køkkenet lå i den sydlige fløj, og den nu forsvundne vestfløj indeholdt skriverstue og flere værelser. Indtil 1633 bestod nordfløjen af en kraftig spærremur, men dette år blev muren erstattet af et kornmagasin med fire kornlofter, luger og hejsebomme.
Som følge af fjendtlige troppers udplyndringer og ødelæggelser 1627‑29, 1644 og 1657‑60 var Aalborghus ved enevældens indførelse i 1660 forvandlet til en ruin. De første stiftamtmænd, der fra 1662 afløste stiftslensmændene, foretrak da også at bo på deres egne herregårde eller i udlandet. I 1700-tallets begyndelse gennemgik stedet en kraftig restaurering. Derefter blev Aalborghus igen hovedsæde for stiftamtmændene, amtsforvalterne og deres skrivere, kuske og tjenestefolk.
I 1772 var Aalborghus desuden udset til at blive indrettet som kongeligt fængsel for Christian 7.s dronning, Caroline Mathilde. Under Englandskrigen 1807‑14 spillede Aalborghus en vigtig rolle for opmagasineringen og udskibningen af korn til det brødhungrende Norge, og den nuværende sydfløj blev opført til oplagring af kornet.
Fra 1880’erne var Aalborgs byråd af den opfattelse, at Aalborghus lå i vejen for et nyt gadegennembrud og anlæggelsen af et nyt bank- og forretningskvarter på byens havnefront. En fredning af Aalborghus i 1918 skrinlagde dog byrådets nedrivningsplaner. Efter Kommunalreformen i 1970 fraflyttede Nordjyllands Amt Aalborghus, men til gengæld rykkede statsamtet ind; den sidste stiftamtmand fraflyttede først i 1997. Senere har en afdeling af Statsforvaltningen haft hjemme her.
