Skanderborg Kommunes ferske vande kendetegnes ved de mange store søer i Det Midtjyske Søhøjland samt Danmarks længste vandløb, Gudenå, der gennemløber mange af søerne. Blandt undtagelserne er Stilling og Solbjerg Søer, som har afløb til Århus Å, og Tebstrup Sø, der har afløb til Horsens Fjord. Flere af de store søer er opstået i dødishuller og er derfor meget dybe. Dette gælder bl.a. Knudsø og Ravnsø med størstedybder på hhv. ca. 29 og ca. 34 m. I alt har Skanderborg Kommune 1.413 søer på mindst 100 m2. Tilsammen dækker de 3.506 ha, svarende til godt 8 % af kommunens areal.
Der er ca. 250 km vandløb, som er omfattet af Naturbeskyttelseslovens § 3. Dertil kommer en række vandløb, kanaler og grøfter, som ikke er beskyttede. Mange af de mindre vandløb er karakteriserede af et stort fald og en stor tilførsel af grundvand. Desuden er mange af bækkene skygget af skov på store dele af deres løb. Dette er fx tilfældet for den meget fine Bjergskov Bæk, der løber til Mossø lige vest for Hem Odde. Den varierede bæk har et bemærkelsesværdigt stort fald og er levested for en række sjældne vandinsekter som vårfluerne Philopotamus montanus, Agapetus fuscipes og Crunoecia irrorata samt slørvingerne Protonemura hrabei, Isoperla difformis og Brachyptera risi.
