En stor del af Skanderborg Kommune ligger i Det Midtjyske Søhøjland, hvor sidste istids is og smeltevand skabte et dramatisk landskab med talrige søer og dybe dale. En mindre del af Gudenå løber gennem kommunen, men ellers er det de store søer som Mossø og Skanderborg Sø samt en række mindre søer i Gudenåsystemet, som skaber det karakteristiske sølandskab med plads til bl.a. havørne, der tager for sig af fisk og vandfugle.
Mellem dalene og søerne består landskabet af bakkede plateauer, der mod syd topper i Ejer Bjerge med Ejer Bavnehøj og den nærliggende Møllehøj, som med sine 170,86 m.o.h. er Danmarks højeste punkt. På Ejer Bavnehøj står Genforeningstårnet fra 1924. I Rye Nørreskov op mod Julsø ligger Himmelbjerget, som er et af kommunens mest populære udflugtsmål. Med Himmelbjergfesterne i midten af 1800-tallet grundlagde St.St. Blicher her en tradition for demokratiske folkemøder.
Det varierede landskab danner grundlag for et rigt friluftsliv i form af bl.a. talrige vandreruter som Himmelbjergruten på 40 km, Hjertestierne og de mange ruter kaldet Spor i landskabet. På Julsø kan man sejle med Hjejlebådene, mens turbåden Dagmar sejler på Skanderborg Sø. Selv om kommunen ikke har kysttrækninger, er der gode bademuligheder i Knudsø og Skanderborg Sø, hvortil også lystfiskere flokkes.
Siden 1980 har Skanderborg Dyrehave lagt plæner til den årlige Smukfest, tidligere Skanderborg Festival. Landets næststørste musikfestival strækker sig over fem dage i august, og med det nye udvidede festivalområde vil der i 2020 være plads til ca. 60.000 daglige gæster. En anden stor festival er Sølund Musik-Festival. Den afholdes hvert år i juni i Landsbyen Sølund, som er et stort bosted for mennesker med nedsat psykisk og fysisk funktionsniveau. Festivalen regnes med sine ca. 20.000 gæster for den største festival for udviklingshæmmede.
Egnen har gennem tiden tiltrukket mange malere som Dankvart Dreyer, Louis Gurlitt og Vilhelm Kyhn. Sidstnævnte blev fra omkring 1866 en fast gæst i området og var den centrale person i gruppen af Himmelbjergmalere. Forfatteren Albert Dam stammede fra Virring Mosegård og beskrev området i sine bøger. Ole Lund Kirkegaard tilbragte sin barndom i Skanderborg, så hans fantasifulde bøger, fx Orla Frø-Snapper (1975) og Gummi-Tarzan (1969), har måske deres udgangspunkt her.
De ældste spor efter bopladser fra stenalderen er fundet ved Ringkloster ved Skanderborg Sø og ved Vædebro nær landsbyen Alken. I Illerup Ådal og Alken Enge er der gjort spektakulære fund fra jernalderen: tusindvis af våben samt menneskeknogler fra flere hundrede krigere. Man mener, at disse stammer fra offerritualer, og formoder derfor, at dalstrøget ned mod Mossø, hvor begge fundsteder ligger, var en hellig dal.
I tidlig middelalder var området fortsat tæt beboet, og der blev både opført stenkirker og anlagt flere klostre. Et af disse er Øm Kloster, hvis ruiner i dag er del af et museum. I det meste af middelalderen var Rye (i dag: Gammel Rye) områdets centrale by, som fik særlige handelsprivilegier, og hvor der var et stort marked. I 1583 fik Skanderborg dog købstadsrettigheder på grund af dens tilknytning til Skanderborg Slot. Slottet, som havde sin oprindelse i en middelalderborg, blev nedrevet efter et salg i 1767, og tilbage står nu kun slotskapellet, der er et af de tidligste eksempler på et luthersk slotskapel.
Med jernbanens anlæggelse i 1868 fik byen Skanderborg en opblomstring, og nye virksomheder blev etableret. Den vigtigste var maskinfabrikken A. Blom & Søn fra 1882, som i mange år var byens største arbejdsplads. Den lukkede i 1990, men grundlæggerens navn lever videre i indkøbscenteret Bloms Butikker. På fabrikkens grund ligger i dag Kulturhuset Skanderborg, som blandt andet rummer bibliotek, biograf, koncertsal og café.
2. Verdenskrig satte sit præg på Skanderborg, da det tyske flyvevåben anlagde sit danske hovedkvarter i byen i 1944. Bunkerne fra tiden er delvis bevaret i Skanderborg Dyrehave og er en del af Museum Skanderborg. Tiden efter krigen og frem til i dag har været præget af vandring fra land til by, og beskæftigelsen i de traditionelle landbrugserhverv blev afløst af først industri og siden servicefag, ikke mindst turismen.
Den nuværende Skanderborg Kommune blev til som et resultat af Strukturreformen i 2007 ved en sammenlægning af Skanderborg, Ry, Galten og Hørning Kommuner og Voerladegård Sogn i Brædstrup Kommune. Ved sammenlægningen fik den nye Skanderborg Kommune en Venstreborgmester, men efter valgene i hhv. 2009, 2013 og 2017 besatte Socialdemokratiet posten.
Skanderborg Kommune har siden 1971 haft en befolkningsvækst på 85 %, hvilket gør den til en af landets hurtigst voksende kommuner, og udviklingen ventes at fortsætte. Den befolkningsmæssige tiltrækningskraft skyldes den rige natur, og at infrastrukturen er yderst veludbygget med både jernbane og motorvej. Der er en omfattende daglig pendling til Aarhus, men kommunen rummer selv et varieret erhvervsliv, med de fleste arbejdspladser omkring byen Skanderborg. I Galten og Låsby ligger flere halvstore industrier, mens Ry og Hørning mere er præget af handels- og servicevirksomheder. Disse faktorer bidrager utvivlsomt til, at kommunen, sammen med Aarhus Kommune, har de højeste boligpriser i Jylland.