Skanderborg Provsti i Aarhus Stift består af 25 sogne. 82,6 % af kommunens indbyggere er medlemmer af folkekirken, hvilket er noget højere end landsgennemsnittet på 74,7 % (jan. 2019).
Kirkelivet i kommunen har dog været karakteristisk ved sin mangel på åndelige vækkelser, og i præstelige indberetninger til Kirkelig Haandbog (1923‑67) beskrives kirkelivet som »jævnt ringe«. Dette kan begrundes med påvirkningen fra Lars Bjørnbaks landboskole i Viby. Bjørnbak virkede i ikkegrundtvigiansk ånd med vægten lagt på det rent oplysende og direkte opdragende. Han ledede skolen fra oprettelsen i 1857 til sin død i 1878 og kom i alvorlig strid med Jens Nørregaards højskole i Testrup (oprettet 1866), der også hentede sine elever fra Skanderborgegnen. Denne strid afspejles i den lokale konflikt om ikkedøbtes brug af fadervor i 1901, hvor pastor C.R. Berggreen i Skanderborg prædikede, at ikke døbte skulle nægtes ret til at bruge denne bøn. Han blev kraftigt imødegået af den senere så kendte ernæringsekspert og læge på Skanderborg Amtssygehus Mikkel Hindhede, der forsvarede den enkeltes private mulighed for at udøve den kristne tro, som denne ønskede.
I Ry var der et aktivt grundtvigiansk miljø, der i 1883 byggede forsamlingshus med hjælp fra Andreas Bentsen og hans elever fra håndværkerskolen i Vallekilde i Odsherred (skolen, der blev nedlagt i 1919, var tilknyttet Vallekilde Højskole). I 1892 åbnedes Ry Højskole, der fortsat drives som en almen grundtvigiansk højskole.
Indre Mission var heller ikke særlig udbredt. I Skanderborg blev der i år 1900 bygget et missionshus med midler indsamlet via de indremissionske sommermøder, som blev holdt ved Christian 4.s eg i Skanderborg Dyrehave. Den indremissionske præst Anders Chr. C. Overgaard, der var hjælpepræst i Veng i årene 1892‑1905, fik stor betydning for Indre Missions udbredelse lokalt. Han arbejdede også for at få opført missionshusene i Veng, Svejstrup og Ry. Der findes ingen frikirker i kommunen.
Ved Gammel Rye ligger det katolske lejrcenter Ømborgen, der har tjent som lejrophold for Danmarks Unge Katolikker siden 1948. I dag kan det lejes som kursus- og konferencecenter. Grunden blev foræret til unge katolikker i Horsens, og bygningerne er tegnet af frivillige fra Danmarks Unge Katolikker.
