Det lavtliggende Amager rummer meget få naturlige søer. Flertallet af Tårnby Kommunes søer er således kunstige eller opstået i lavningerne på Saltholm og den inddæmmede Kalvebod Fælled. I alt har kommunen 48 søer på mindst 100 m2. Tilsammen dækker de 190 ha, svarende til knap 3 % af kommunens areal. Søarealerne på især Saltholm og Kalvebod Fælled skal dog tages med et vist forbehold, da vandfladerne ofte varierer betydeligt hen over året afhængigt af nedbør og fordampning.
Der er ingen naturlige vandløb i Tårnby Kommune. Derimod rummer Kalvebod Fælled et stort antal kanaler og grøfter.
