Omkring 1770 begyndte man at bryde kalk i et åbent brud ved Hjerm. Bruddet blev i begyndelsen af 1900-tallet udvidet med en underjordisk kalkmine, hvor små tipvogne førte kalken op til overfladen. Med tiden betød stigende lønninger, at brydningen blev urentabel. I 1957 blev kalkminen derfor lukket, og kalkovnene fjernet.
Den sammenstyrtede indgang til Hjerm Kalkmine blev genåbnet i 1985. Ikke for at genoptage brydningen, men for at give den fredede vandflagermus et tiltrængt overvintringssted. Vinterfreden varede dog ikke ved, for i 1990’erne blev der fremsat forslag om at lave ostelager i kalkminen. Af hensyn til flagermusene blev forslaget i første omgang forkastet, men i 2012 blev der indgået et kompromis. Kalkminen blev opdelt, så der var et rum til ostene og et rum til flagermusene, som samtidig fik deres egen indgang. I 2013 begyndte Thise Mejeri at lagre deres grubeoste i kalkminen, hvor den konstante luftfugtighed og temperatur er med til at give ostene deres karakteristiske smag og konsistens.
Opdelingen lader ikke til at have haft nogen negativ betydning for vandflagermusene, som tværtimod er steget i antal. Ved optællinger i 2011, 2013 og 2015 husede kalkminen hhv. 21, 44 og 77 overvintrende vandflagermus.
