For at målrette indsatsen har Struer Kommune inddelt de vigtigste naturområder i A-, B- og C-målsatte områder. A-målsatte områder rummer de største naturværdier og omfatter bl.a. strandenge på Thyholm og Jegindø, Hellerød Kær, Toftum Bjerge, moser og overdrev på sydsiden af Kilen samt Nørskov Vig på Venø. I disse områder skal der gøres en særlig indsats for at bevare det særlige plante- og dyreliv. De målsatte naturområder bindes sammen af spredningskorridorer, som løber langs kysten, omkring Kilen og i ådalene samt rundt om de større byer.
For at øge kommunens skovareal er der udpeget fem mulige skovrejsningsområder, heriblandt et område på Jegindø. I udpegningen er der taget hensyn til bl.a. beskyttelse af grundvand, landbrug, råstofindvinding og friluftsliv.
Struer Kommune har desuden oprettet et Grønt Råd. Det skal styrke borgerinddragelsen og rådgive de politiske beslutningstagere i spørgsmål vedrørende natur- og miljøforhold i det åbne land.
