Struer Kommune har ca. 100 km vandløb. De fleste løber til Limfjorden, men i kommunens sydvestlige hjørne afvander de til Nissum Fjord. Vandløbene er overvejende små og korte med en vanddybde på under 0,5 m og en bredde på mindre end 2 m. Selv om de fleste er påvirket af menneskelig aktivitet, har flere af dem en god økologisk kvalitet. Der er dog også rørlagte strækninger, ligesom flere har spærringer eller lider under okkerbelastning. For at opretholde vandføringsevnen grødeskæres mange af vandløbene.
Der findes i alt 690 søer på mindst 100 m2 i kommunen. Tilsammen dækker de 434 ha, hvilket svarer til ca. 1,7 % af kommunens areal.
