Klimaet i Struer Kommune påvirkes af Limfjorden, som dæmper de daglige og årlige temperaturudsving især i de kystnære områder samt på Thyholm og Venø. Samlet set ligger årsmiddeltemperaturen lidt under landsgennemsnittet, og fra maj til juli hører kommunen til blandt landets ti koldeste. I syd giver de let sandede jorder en smule ekstra opvarmning, men også lidt bygeaktivitet.
Årsnedbøren ligger betydeligt over landsgennemsnittet, og i seks af årets måneder placerer Struer Kommune sig blandt landets ti vådeste. Især på Thyholm, ved Toftum Bjerge og ind mod Den Jyske Højderyg giver det bakkede terræn øget nedbør. Trods de forholdsvis store nedbørsmængder når luften at tørre en smule ud på sin vej over det bakkede Thy i nordvest, inden den rammer Struer Kommune.
Antallet af solskinstimer ligger lidt under landsgennemsnittet. Når vinden er i det nordlige og nordvestlige hjørne, giver de norske fjelde dog læ for skyerne, og der kommer sol til kommunen.