Nord for Agger og Flade Sø ligger den ca. 3 km lange Lodbjerg Kystklint. Det brunsorte glimmerler ligger i den centrale del af klinten som mindst 8 m tykke havaflejringer. Som ved Silstrup Hoved stammer aflejringerne fra Oligocæn. Glimmerleret ligger sammen med fint sand og indeholder en rig fauna af snegle og muslinger. Aflejringerne er en del af en flage, som er revet løs, skudt op og foldet af en gletsjer under sidste istid.
Over de oligocæne lag findes lag fra Pleistocæn, som består af ca. 30.000 år gamle søaflejringer af ler og sand. I disse lag er der fundet græsser og pollen fra fyr. Oven på søaflejringerne ligger istidslag af moræneler, som er aflejret under flere forskellige isfremstød i sidste (Weichsel) og muligvis også næstsidste istid (Saale). Derunder findes smeltevandssand og -grus, der er foldet og indgår som flager i moræneleret. Aflejringerne indeholder overvejende blokke fra Norge, hvilket sammen med de opskudte flager og folder viser, at isen har bevæget sig fra Norge og sydpå.
I toppen af moræneleret er der fundet pløjespor fra bondestenalderen, ligesom man har fundet flade ferskvandsbassiner med gytje og tørv fra sen- og efteristiden. Oven på disse lag ligger flere meter flyvesand.
Fra Lodbjerg Fyr kan man ad en sti nå ud til Lodbjerg Kystklint. De mørke bånd, som træder frem øverst i klinten, er såkaldte jordbundshorisonter. Båndene viser, at klitterne med vekslende mellemrum er hhv. groet til og derefter dækket af flyvesand. Det karakteristiske glimmerler findes i bunden af klinten.
