Mors er en ø, og derfor er indflydelsen fra den omkringliggende Limfjord betydelig. Derudover påvirkes klimaet også mærkbart af både Nordsøen og Skagerrak. Havets indflydelse er særlig tydelig om foråret og i den tidlige sommer. På denne årstid varmes havet kun langsomt op, hvilket fra maj til juli gør Morsø Kommune til landets koldeste. Regnes hele året med, placerer Morsø Kommune sig blandt de ti koldeste kommuner i landet.
Når vinden kommer fra nordvest, påvirkes nedbøren af de norske fjelde, mens det er højdedragene i den sydlige del af Thy omkring Hurup, som påvirker nedbøren, når vinden kommer fra vest. I begge tilfælde medfører det, at den meste nedbør når at falde over højdedragene, inden luften når frem til Mors. På trods af disse påvirkninger hører kommunen som helhed alligevel til blandt den vådeste tredjedel i landet.
Morsø Kommune har i gennemsnit 1.804 solskinstimer om året, hvilket lige rækker til en placering i topti blandt Danmarks solrigeste kommuner. Især vinterhalvåret er solrigt, hvor lævirkningen fra de norske fjelde også spiller en rolle.
