Tidligere tiders afvanding og dræning har reduceret antallet af søer i Morsø Kommune. I 2013 var der 864 søer på mindst 100 m2, hvoraf langt de fleste var små søer og damme. Selv om mange søer er forsvundet, er der dog også kommet nye til. Blandt de nye søer er Tissing Vig.
Ligesom de fleste søer er også Morsø Kommunes vandløb små. De fleste er regulerede og har karakter af kanaler, men på trods af en ofte ringe fysisk tilstand har mange af dem stadig betydning som gydepladser og opvækstområder for havørred.
