Blandt Nordhavns færgelejer, lystbådehavn, containerterminal, fisketorv, lagerbygninger og erhvervsejendomme ligger en række åbne områder, hvor naturen mere eller mindre har fået lov at råde. Det gælder ikke mindst Nordhavnstippen, som udgør det store opfyldningsområde øst for Kattegatvej. Mens den sydlige del af Nordhavnstippen er delvis bebygget, ligger den nordlige del, også kaldet Stubben, som en grøn oase i et ellers udpræget industri- og bylandskab. Selv om Nordhavnstippen benyttes flittigt af bl.a. fuglekiggere, lystfiskere og hundeluftere, er det officielt ikke tilladt at færdes på arealerne.
Ud over almindelige arter som blågrøn gåsefod, stinkende karse og krybende læbeløs omfatter Stubbens planteliv også mere sjældent sete planter som foderesparsette, giftig kronvikke, trekløftstenbræk og uldbladet kongelys. Talrig er også den plettede voldsnegl, som man især bemærker på områdets solbeskinnede flader. Den store karakteristiske snegl blev indført fra Sydeuropa, formentlig som spisesnegl, og udsat på Christianshavns Vold i 1890. I dag betragtes den som invasiv. Stubben er dog også levested for flere sjældne og truede hvirvelløse dyr, heriblandt natsommerfuglene violet løvmåler og den rødlistede kridtugle, der betragtes som en national ansvarsart. Derudover huser Stubben en bestand af grønbroget tudse, hvis fløjtende kvækken på lune forårsaftener genlyder fra områdets småsøer.
Fuglelivet er overordentlig rigt, og gennem tiden er der iagttaget mere end 230 forskellige arter i området. Det skyldes ikke mindst kysten, der fungerer som en trækledelinje for de rov- og småfugle, der forår og efterår lægger vejen forbi Nordhavnstippen. På Stubben yngler desuden både husrødstjert, engpiber og stenpikker. I forbindelse med By & Havns udvikling af Nordhavn er ti grønne foreninger gået sammen i netværket Nordhavns Naturvenner med ønsket om at omdanne 90 ha af den yderste del af Nordhavn til en stor naturpark, der bl.a. skal omfatte et stisystem, en badestrand og et fuglereservat.
