Den folkekirkelige medlemsprocent ligger på 68,8 % i Ballerup Kommune og er således under landsgennemsnittet på 75,9 % (2017). Ballerup-Furesø Provsti ligger i Helsingør Stift og har syv sogne (heraf tre i Furesø Kommune) fordelt på seks pastorater med 26 sognepræster og syv menighedsråd. Der er tale om store folkekirkelige sogne med udpræget forstadspræg, bl.a. mange tilflyttere, en del præster og flere nybyggede kirker.
Ballerup-Måløv Pastorat bestod af to landsogne, der var præget af hovedstadens nærhed og af gode indtægter for sognepræsten pga. kaldets størrelse. Den øgede sekularisering mærkedes i kirkelivet, der i sidste halvdel af 1800-tallet kun i mindre omfang var præget af vækkelser og bibellæsning. En lille kreds af Indre Mission og KFUM/K har med missionshus og bibelkredse været med til at præge kirkelivet.
Allerede med Frederikssundbanens åbning i 1879 begyndte indbyggertallet at vokse, og med S-banens udvidelse i 1949 fik Ballerup Kommune sit nuværende forstadspræg. Måløv Sogn blev selvstændigt pastorat i 1966.
Skovlunde Sogn er udskilt fra Ballerup Sogn i 1961 med indviet kirke i 1972 og kirkecenter, præget af et aktivt kirkeliv. Tilsvarende er Pederstrup Sogn (opkaldt efter den gamle landsby) i kommunens sydvestlige hjørne udskilt med indvielsen af Vestkirken i 1973 og siden med Hedegårdskirken i 1982. Sognet er ungt og præget af menighedsarbejde og kulturelle aktiviteter. I Skovlunde Sogn findes Skovlunde Frikirke med ca. 90 medlemmer (2018). Frikirken er evangelisk og stiftet af unge familier, ofte med rod i missionskredse. Frikirken har ingen ordinerede præster, men der foretages kirkelige handlinger (vielse, dåb og nadver) af lægmedlemmer. I Skovlunde ligger også templet Bharatiya Mandir. I Ballerup ligger Fatih Moske, som er tilknyttet Diyanet (Dansk Tyrkisk Islamisk Stiftelse, godkendt 2006), der er det største muslimske trossamfund i Danmark.
Også Harreskovens Blótgilde holder til i kommunen. Det er et godkendt trossamfund inden for asatro, troen på de gamle nordiske guder og den religiøse praksis, som forbindes med før-kristen kultur i Danmark, såsom knæsætning af børn og blot (offerritual). Trossamfundet blev grundlagt i 1996 og godkendt i 2010. Blótgildet benytter især en dysse i Egebjerge til deres aktiviteter, og de opfatter hele denne skov, som ligger i krydsfeltet mellem en række sjællandske kommuner (Gladsaxe, Furesø, Ballerup) som hellig skov. Trossamfundet har forbindelse til andre asatroende grupper og netværk såsom Forn Siðr.
