Borgen består af tre sammenbyggede fløje opført i munkesten. En spærremur med fremspringende porttårn i midten lukker anlægget mod vest. Borgens ydermure rejser sig direkte op fra den vandfyldte voldgrav, der omkranser borgen. Voldgraven omgives af en op til 9 m høj jordvold, der igen er omgivet af en ydre, vandfyldt voldgrav. Adgangen til borgen er fra vest, hvor en smal vejdæmning oprindelig adskilte den ydre voldgrav fra Spøttrup Sø, der ligger vest herfor. Da borgens nuværende udseende i høj grad skyldes nyere restaureringer, er der usikkerhed om, hvorvidt bl.a. de store jordværker, der omgiver anlægget, modsvarer de senmiddelalderlige volde i deres udformning.
Spøttrup var en topmoderne fæstning, da den stod færdig. Det nye var de høje volde, der kunne modstå beskydning med tidens kanoner. Søen har ydet beskyttelse fra vest, mens volden og de dobbelte voldgrave sammen med porttårnet har besværliggjort adgangen til borgen for en eventuel fjende.
Under Grevens Fejde 1534-36 sluttede mange bønder sig til Skipper Clements oprør, og flere af egnens herregårde blev plyndret, måske også Spøttrup. Oprøret blev nedkæmpet, men den lutherske reformation blev gennemført i 1536, og Spøttrup overgik til kronen.
Efter Reformationen og Spøttrups inddragelse under kronen mistede borgen hurtigt sin militære betydning. I 1559 blev Spøttrup forlenet til Otte Krumpen, og i 1577 overdrog Frederik 2. den til Henrik Below, der foretog en af de største ændringer af borgen sidenmiddelalderen, idet han omkring 1580 opførte to trappetårne i borggården. Adgangen til de enkelte stokværk havde førhen foregået ad trapper og svalegange i borggården og uden direkte forbindelse mellem de enkelte stokværk.
I de følgende århundreder var Spøttrup herresæde for skiftende ejere, bl.a. medlemmer af uradelsslægten Rosenkrantz. Borganlægget forfaldt i 1800-tallet, men blev fredet i 1918. I de følgende årtier gjorde Det Særlige Bygningssyn sig store anstrengelser for at renovere og bevare Spøttrup, og i 1937 blev det overtaget af staten. I årene 1938-41 er Spøttrup blevet renoveret under ledelse af arkitekt Mogens Clemmensen, der delvis førte borgen tilbage til sit oprindelige udseende. I 1941, da restaureringen var afsluttet, åbnede Museet på Spøttrup Borg. Her kan man i dag opleve middelalderens borganlæg og dagligliv, bl.a. gennem det årlige Bispens Marked. I 2017 var borgen vært for VM i middelalderkampsport.
