Aarhus Kommune har knap 2.000 søer på mindst 100 m2. Alligevel er det samlede søareal forholdsvis beskedent og dækker kun 734 ha. Heraf er 213,2 ha offentlig ejet. Langt de fleste søer er små, og blot 33 har et areal på mere end 1 ha. Brabrand Sø, Årslev Engsø og Egå Engsø er langt de største med overfladearealer på hhv. 154 ha, 117 ha og 115 ha. Især mange af de mindre søer er nyetablerede, men også både Årslev Engsø og Egå Engsø, der blev skabt ved oversvømmelse af tidligere landbrugsarealer i hhv. 2003 og 2006, er forholdsvis unge.
Blandt de mere bemærkelsesværdige privatejede søer i kommunen er Tåstrup Sø.
De aarhusianske søer og vandhuller er ofte opstået i marklavninger ellersom mergelgrave. Tilstrømningen af næringsrigt overfladevand gør dem generelt ret næringsrige og bidrager til en forringet naturtilstand. En gennemgang af 371 vandhuller i 2011 viste således, at kun knap hver fjerde sø havde en høj eller god naturtilstand. Naturtilstanden i 70 % af vandhullerne var derimod moderat til ringe, mens den i 6 % af tilfældene blev vurderet til at være decideret dårlig.
Ud over søerne rummer Aarhus Kommune i alt ca. 370 km vandløb, hvoraf de 66,7 km er offentlige. Dertil kommer et ikke nærmere defineret antal gravede grøfter og afvandingskanaler. Blandt kommunens længste vandløb er Århus Å på knap 32 km, Lyngbygård Å på knap 27 km, Egå på knap 13 km og Giberå på knap 12 km. I dag er størstedelen af de aarhusianske vandløb i god økologisk tilstand. Beregnet ud fra smådyrbestandenes sammensætning (det såkaldte Dansk Vandløbsfaunaindeks) er især Giberås nedre løb i god biologisk tilstand med en DVFI-værdi på 7. Andre vandløb bærer derimod stadig præg af fortidens belastning med bl.a. spildevand.
