Med blot 27 søer på mindst 100 m2 er Glostrup en ret søfattig kommune. Søerne ligger hovedsagelig i byparkerne, Ejby Mose og Vestskoven. De er alle små, og kommunens største søflade finder man i Ejby Mose, hvis tre søer tilsammen dækker knap 5 ha.
Tidligere har kommunen haft en del vandløb, men i dag er de fleste rørlagte og indgår i kommunens kloaksystem. Det største vandløb er Harrestrup Å, som danner kommunegrænsen i nord. Ellers består kommunens tilbageblevne vandløb overvejende af grøfter, render og mindre kanaler.
