De naturlige søer på Læsø udtørrer som regel om sommeren. Birkemose og andre søer i Kærene tørlægges dog sjældent og er blandt de få tilbageværende lobeliesøer (kalk- og næringsfattige ferskvandssøer) i Danmark. De fleste andre lobeliesøer er efterhånden forsvundet pga. landhævning, grøftegravning, næringsstoftilførsel og tilgroning. I flere næringsfattige og klarvandede sand- og grusgravssøer samt i nyanlagte søer som Sneppekærsøen, Horneks Sø og Hejresøen har der udviklet sig et bemærkelsesværdigt plante- og dyreliv med bl.a. bregnen pilledrager, kransnålalger og mange forskellige vandinsekter.
Læsø har kun få naturlige vandløb, primært de kystnære dele af Lundbæk, men mange gravede grøfter. Næsten alle grøfter oprenses jævnligt, da der pga. det højtliggende grundvand er stor risiko for oversvømmelser i vinterhalvåret.
