Der findes 1.614 søer på mindst 100 m2 i Randers Kommune. De tre største søer er Fussing Sø, Hals Sø og den lavvandede, 20 ha store Udbyover Sø. Mindre søer findes der flere af, og de er næsten alle opstået pga. tørvegravning og råstofgravning.
Danmarks længste å, Gudenå, løber ind i kommunen ved Langå og fortsætter herfra til Randersbro, hvor den løber ud i Randers Fjord. Flere mindre vandløb gennemløber kommunen og er med til at præge landskabet. Blandt de største er Alling Å, Nørreå og Skals Å. Derudover er der ca. 62 km rørlagte vandløb i kommunen.
