Der er 66 offentlige vandløb i Slagelse Kommune med en sammenlagt længde på 256 km, hvoraf de ca. 51 km er rørlagte. Dertil kommer et ukendt antal private vandløb. Af kommunens vandløb har de 141 km en målsætning om at være i god økologisk tilstand, men det er blot 9,4 km, der lever op til dette, og langt størstedelen af vandløbene har en moderat til dårlig økologisk tilstand. Gudum Å er et godt gydested for bækørred og havørred.
Der er gennem årene blevet lavet en række restaureringer samt fjernet spærringer i form af opstemninger. Et eksempel på en restaurering er Lindeså, som kan ses ved Halkevad Mindelund.
Kommunen har omkring 3.600 søer med et samlet areal på 521 ha. Halvdelen af søerne er under 500 m², og 22 søer er over 3 ha store. Kommunens største sø er Lejsø på knap 19 ha. Af de 22 søer, der er på over 3 ha, er der opsat et mål om god økologisk tilstand for de 13. To af dem lever op til målet, mens de resterende har moderat til dårlig tilstand. De fleste af de søer, der ligger på marker, er i en moderat til dårlig økologisk tilstand pga. eutrofiering, mens søer på strandenge eller på afgræssede arealer generelt er i en bedre tilstand.
Der er fra kommunens side gjort en stor indsats for at skabe forbedrede leveforhold for særligt truede padder som klokkefrø, grønbroget tudse og strandtudse. Det er sket ved oprensninger og ved etablering af nye, mindre søer med varierende dybder og mulighed for udtørring i sensommeren.
