Højer, der omtales i det skriftlige kildemateriale i 1231, voksede op som en landsby med middelalderkirke nord for Vidå tæt på Vadehavet. I 1600‑tallet udviklede Højer sig til en vigtig havn ved Vidås udmunding. Det skete på et tidspunkt, hvor Tønder ikke længere havde adgang til havet, og der opstod da handelsforbindelser fra Højer til Holland, England og Tyskland. Dertil kom fiskeri af østers, der i Højer blev pakket i tønder og sendt til Flensborg. I 1736 fik Højer kongeligt privilegium på at drive handel og håndværk efter anmodning fra borgere i Højer for at styrke byen i konkurrencen med Tønder. Herefter havde Højer status som flække, hvilket betragtes som det første flækkeprivilegium i Sønderjylland. I 1801 lå indbyggertallet på 641.
Efter 1864 blev Højer centrum for badegæster, gods og post, der ved højvande blev sejlet med dampskib til Sild. Dette gav grundlag for hotelvirksomhed og anlæggelsen af jernbanen fra Tønder til Højer Sluse i 1892, indtil Hindenburgdæmningen åbnede i 1927. Også erhvervsvirksomheder etableredes, bl.a. et uldspinderi i 1877, fra 1919 under navnet Højer Tæppe fabrik, og Højer Pølser, der blev grundlagt i 1897.
I anden halvdel af 1800‑tallet var befolkningen i Højer udpræget tysksindet, og ved afstemningen om nationalt tilhørsforhold i 1920 var der et stort tysk flertal. Efter Genforeningen i 1920 havde Højer tysk borgmester frem til 1946. Indbyggertallet lå i 1855 på 931, dette tal var i 1901 steget til 1.184.
Indtil 1948 var der sejlads fra Højer med gods til Rømø. Den Danske Ungdomsskole i Højer (i dag: Højer Efterskole) blev indviet i 1951 som et led i forstærkningen af danskheden i grænselandet, hvilket også afspejler sig i navnet. Ud over turismen var der også vækst i håndværk og industri. I 1921 lå indbyggertallet på 1.125, dette tal var i 1950 vokset til 1.410. Efter 1950 opstod der nye kvarterer mod nord og øst.
Fra 1970 til og med 2006 var Højer administrationscentrum i Højer Kommune med borgmesterkontor i en stråtækt bygning fra 1803. Indbyggertallet faldt imidlertid i denne periode fra 1.416 til 1.375. Havnen blev endeligt opgivet ved opførelsen af Det Fremskudte Dige med Vidå Sluse i 1979‑81. I 1986 blev Det vestslesvigske Håndarbejdsseminarium oprettet, senere bl.a. kaldet Designseminariet.
