Den selvejende institution Øhavsmuseet Faaborg er et statsanerkendt kulturhistorisk museum med ansvar for kulturhistorie i nyere tid og arkæologi i Faaborg-Midtfyn Kommune. I perioden 2010‑15 drev Langeland Kommune og Faaborg-Midtfyn Kommune Øhavsmuseet, der var skabt ved en fusion af det foreningsejede Faaborg Kulturhistoriske Museer og det kommunalt ejede Langelands Museum.
Øhavsmuseet omfatter de to museer Kaleko Mølle (museum 1917) og Den gamle Gaard (museum 1932), der blev samlet i 1976 og fik faguddannet leder i 1978. Siden 1991 har Øhavsmuseet drevet museet i Faaborg Arrest. I perioder har museet også drevet Tårnet i Svanninge Bakker. Øhavsmuseet har fået tildelt en større industribygning på Faaborg Havn til et nyt besøgscenter, der forventes at blive indviet i juni 2021.
Svendborg Museum ejer den frivilligt drevne Egeskov Mølle, og Odense Bys Museer driver en bemandet afdeling i Carl Nielsens Barndomshjem i Nørre Lyndelse. Der er foreningsejede museer i Ringes gamle skole, i Gærup gamle skole, i Søllinge gamle skole og i Hudevad gamle smedje. Derudover er der udstillinger og samlinger på herregården Egeskov, der er privatejet. En række lokalarkiver har folkemindesamlinger ved siden af arkivalier. Endelig er der historiske fartøjer hjemmehørende i Faaborg: fiskekutteren Marna og galeasen Haabet (Havgassen), der begge er bygget i Faaborg.
Kommunens ældste arkiv og et af Danmarks ældste arkiver er Faaborg Byhistoriske Arkiv (indviet 1937), der siden 1980 er drevet sammen med det kulturhistoriske museum. Ud over dette er der 20 lokalarkiver, der alle er foreningsdrevne.
