Selv om mennesket har stor indflydelse på landskabet, er der selv i så lille et land som Danmark nogle grundlæggende naturgeografiske variationer, der ikke lader sig ændre. Disse variationer befinder sig groft sagt på to skalaer. På stor skala er der forskellen mellem øst og vest, som har at gøre med den seneste istids landskabsformning. På lille skala handler det mere om lokal topografi og afvandingsforhold.
Istiden Weichsels opbygning af morænebakker og -flader på Øerne og i det østlige Jylland og dens aflejring af smeltevandets grus og sand i Midt- og Vestjylland skabte så afgørende forskelle i plantelivets vækstbetingelser, at det dybt og varigt har påvirket landbrugsproduktion, bebyggelsesstruktur og livsformer. I den næringsfattige sandjord er der i modsætning til i den muldrige morænejord ofte et begrænset antal af jordrodende dyr, hvorfor organisk materiale samler sig oven på mineraljorden uden rigtig at blive blandet med denne. Denne såkaldte podsolering betyder, at jordens mineralske og organiske indhold lægger sig i lag, og det resulterer ofte i udvaskning og efterfølgende udfældning af jernforbindelser i et hårdt såkaldt allag, som hæmmer plantevækst og vanskeliggør pløjning. Den biologiske rigdom er størst på østdanske morænejorde, der skabte grundlag for en forholdsvis høj befolkningstæthed og intensive produktionsformer. Omvendt gav de næringsfattige midt- og vestjyske jorde anledning til kun spredt bebyggelse og en ekstensiv landbrugsproduktion, der primært var baseret på græssende kreaturer.
I både øst og vest nuanceres disse overordnede træk dog af den lokale topografi. Variationen er pga. isens bulldozerbevægelser tydeligst i Østdanmark, men også på hedefladen er der afgørende forskel på bakkeøernes næsten umærkelige hævninger i et i øvrigt pandekagefladt landskab, lumske mosehuller og de mange engdrag langs egnens mange vandløb. Det er netop først og fremmest forskelle i jordens indhold af vand, kombineret med variationer i indfaldet af sollys, der giver de lysåbne landskabstyper deres forskellige præg fra overdrevets kalktørre, næringsfattige, sydvendte skråninger til lavtliggende kærs konstant vandmættede jord.
Selv om vejrliget siden den seneste istid har varieret over længere perioder, har der gennem det meste af historien været klimatiske forskelle mellem de landsdele, som først blev dannet, efter at de sidste gletsjere for 8.000‑9.000 år siden var smeltet. De højeste og laveste temperaturer forekommer i de indlandsprægede egne i Midtjylland, Øerne har mindre udsving, og på Lolland og øerne syd for Fyn nyder man godt af sommervarmen fra kontinentet. Det regner mest i det sydvestlige Jylland, mens den sjællandske Storebæltskyst hører til landets tørreste områder.
Det er en betingelse for at kunne beskrive landskabers forskellighed i tid og rum at have et sprog for, hvad de består af. Kategorisering af landskabets typer og enkeltdele har imidlertid selv en historie. Det er derfor ikke altid muligt at jævnføre fortidige landskabsbeskrivelser med nutidige. I det gamle landbosamfund var det væsentlige som regel, hvad et areal blev brugt til. Datidens kategorisering var funktionel. Et overdrev var fx et areal, som blev benyttet til permanent græsning for husdyr fra et større antal tilstødende landsbyer. Sådanne overdrev kunne altså sagtens bestå af partier med tæt skov. For det tidlige 1900-tals botanikere som Christen Raunkiær var overdrevet derimod karakteriseret ved særlige plantesamfund, og i dag defineres landskabstypen i juraen som »lysåben urtedomineret vegetation på veldrænet bund, uden anden kulturpåvirkning end græsning«. Men selv blandt nutidige botanikere kan der undertiden opstå misforståelser om grænserne mellem moser, enge og kær.
