Brønderslev Provsti har siden sidste del af 1800-tallet været præget af de to store kirkelige retninger: den grundtvigianske og den indremissionske. H.I.F.C. Matthiesen, der var præst i fiskersamfundene Asaa-Melholt Sogn i perioden 1887-96, var bl.a. med til at udbrede Indre Mission til Hjallerup, Dronninglund og Brønderslev. Her har Indre Mission fortsat aktive samfund med mange tilbud til børn og unge. Dertil kommer Hjallerup Bibelcamping, der begyndte i Sæby i Frederikshavn Kommune i 1977, men fra 2012 har holdt til på Markedspladsen i Hjallerup, og som hvert år tiltrækker folk fra hele landet. Dronninglund Efterskole (tidligere Østvendsyssel Ungdomsskole), blev etableret i 1959 på et indremissionsk værdigrundlag. Inden for grundtvigianismen kan nævnes Grundtvigsk Forum for Jerslev og Omegn (stiftet 1932), der bl.a. arrangerer foredrag og koncerter i Jerslev Kirkes præstegård.
Baptistkirken, Syvende Dags Adventistkirken og Det Danske Missionsforbund, der etablerede sig i området i slutningen af 1800-tallet, er fortsat aktive i hhv. Brønderslev, Jerslev og Stenum. Det Danske Missionsforbunds fik ny kirkebygning i Stenum i år 2000. Af nyere kristne missionsinitiativer kan nævnes Gospel Outreach (stiftet 2004).
Flygtninge og indvandrere kan ses i de frikirkelige samfund såvel som i folkekirken. Her kan nævnes det voksende antal især afrikanske flygtninge og indvandrere, der er aktive i Apostolsk Kirke i Brønderslev (menighed stiftet 1942), den Arabiske Menighed, der siden 2006 har holdt gudstjenester i Brønderslev Kirke, samt en serbisk adventistmenighed, der er tilknyttet Baptistkirken i Brønderslev. Endvidere findes en syrisk kulturforening i Brønderslev, der bl.a. afholder fredagsbøn.
Der er dog fortsat stor opbakning til folkekirken i kommunen, hvor knap 89 % er medlemmer mod 76,9 % på landsplan.
