Mariagerfjord Kommune er inddelt i Hadsund Provsti, Aalborg Stift, og Hobro-Mariager Provsti, Aarhus Stift. Hadsund Provsti har 7 pastorater, 12 sogne, 12 sognepræster og 11 menighedsråd. I Hobro-Mariager Provsti er der 8 pastorater, 17 sogne, 11 sognepræster og 13 menighedsråd. I hele kommunen er 85,7 % medlemmer af folkekirken mod 75,9 % på landsplan (2017).
Området omkring Mariager Fjord har aldrig været centrum for vækkelser af betydning. I Hobro var der i 1836 kun to vakte fra den herrnhutiske mission og uden for byen to ældre søstre. Østhimmerlands Missionsforening blev dannet i 1862, og i 1895 opførte den et missionshus i Hobro i Vestergade.
I Menighedshjemmet i Skibsgade (indviet 1898) søgte grundtvigianske borgere at etablere et frit religiøst samvær uden for kirkens rammer. Menighedshjemmet er i dag en del af Hobro Medborgerhus. Spejderbevægelsen, herunder KFUM og KFUK og siden FDF, var i 1900-tallet tilknyttet Missionsforeningen og Menighedshjemmet. I 1870’ernes slutning opstod en række afholdsforeninger og –loger i Hobro. I flere landsogne blev der bygget missionshuse, og missionskredse findes i dag i Hobro, Arden-Vebbestrup, Hadsund og Sønder Onsild.
I Skelund blev der i 1870 grundlagt en højskole, der aldrig fik megen søgning, bl.a. fordi landbefolkningen boykottede højskoler med højrefolk som ledere. Højskoleforeningen for Hobro og Omegn er medlem af Grundtvigsk Forum.
I 1971 blev der taget initiativ til en fælleskirkelig efterskole i Skrødstrup, hvor der blev bygget en skole fra grunden. Efterskolen præges i dag af FDF, KFUM og KFUK samt Indre Mission.
Mariager Højskole, Danish Pentecostal Bible College, blev opført i 1954 på en grund skænket af kommunen og drives af Pinsekirken. Heraf udsprang pinsemenigheden i Mariager, Mariagerfjord Frikirke, Pinsekirkens efterskole, der blev til Mariager Efterskole i 1981, samt Frydensberg Efterskole i Mariager. Pinsekirken er i dag repræsenteret i Hobro ved Kirken Connect.
Pinsekirkens tidligere bygning i Hobro blev i 2008 overdraget til Den Russisk Ortodokse Kirke (Moskvapatriarkatet), der har sit danske hovedkontor i byen. Også Sankt Nikolaj Menighed har haft egen bygning i Hobro siden 2008.
Den Russisk Ortodokse Kirke har en lang historie i Danmark, der især skyldes den historiske forbindelse mellem det danske kongehus og Rusland. Udviklingen i 1900-tallet, især Den Russiske Revolution, førte imidlertid til en række brud inden for kirken, hvilket medførte – også i Danmark – at der i dag er flere forskellige menigheder med rødder i russiskortodoks kristendom.
Frikirken Hadsund er evangelisk karismatisk præget. Syvende Dags Adventistkirken driver spejderhytten og kursuscenteret Himmerlandsgården i Helberskov.
Blå Kors er aktiv såvel i Hobro som i Arden og Mariager.