Københavns Indre Søer adskiller Indre By fra Nørrebro og Frederiksberg Kommune og omfatter Sortedams Sø på 25 ha, Peblingesø på 10 ha og Sankt Jørgens Sø på 13 ha. I dag er Søerne et af Københavns mest populære rekreative områder med promenader og en 6,35 km lang cykel- og løberute.
Oprindelig var området en ådal, som strakte sig i en lang bue langs byens volde. Åen blev opstemmet i begyndelsen af middelalderen for at dække mølledriftens behov for vand, hvorved Peblingesø opstod. For at styrke byens befæstning blev dæmningen ved Peblingesø forhøjet i 1523. Samtidig blev der anlagt endnu en dæmning, hvilket skabte Sortedams Sø. Sankt Jørgens Sø er både den sydligste og yngste sø. Navnet kendes helt tilbage fra 1530, om end dæmningen, som i dag følges af Gammel Kongevej og afgrænser søen mod syd, formentlig er noget yngre.
I 1600-tallet var Sankt Jørgens Sø endnu ret lavvandet, og der var til tider så tørt, at kvæg kunne græsse der. Når vandstanden stod højt, blev den bl.a. anvendt som kongelig fiskedam. I perioden etableredes flere broer over Søerne.
Søerne fungerede længe som vandreservoirer til København, og i 1859 indviede byen sit første vandværk med Sankt Jørgens Sø som hovedvandreservoir. Søernes betydning for byens drikkevandsforsyning ophørte først i 1959.
I dag har Søerne tilløb fra bl.a. Damhus Sø og Emdrup Sø via den rørlagte Ladegårdså, mens de har afløb til Østre Anlæg og Kastellets voldgrav. Tidligere udledning af spildevand fra den voksende storby betød, at Søerne blev voldsomt næringsbelastede. Sigtdybden faldt til 0,5 m, og plantevæksten forsvandt stort set fra bunden. I et forsøg på at forbedre Søernes tilstand gennemførte Københavns Kommune et større restaureringsprojekt 2002‑06. For at mindske næringstilførslen til Søerne blev der installeret et mobilt minirensningsanlæg ved Emdrup Sø. Samtidig foretog kommunen en biomanipulation, hvor der blev opfisket 29,1 tons karpefisk, mens der i 2002 og 2003 blev udsat hhv. 50.000 og 70.000 geddeyngel. Resultatet lod ikke vente på sig. I de følgende år blev vandet klarere, og i 2006 dækkede vandplanterne 75‑80 % af bunden af Peblingesø og Sortedams Sø.
Søerne har nu en udbredt undervandsvegetation, som domineres af alm. vandpest, men som også omfatter mindre bestande af kransnålalger. Fiskebestanden består af både aborre, hork, suder, skalle, brasen, karusse, gedde og ål, og i Sankt Jørgens Sø findes en bestand af flodkrebs. Derudover er Københavns Indre Søer en vigtig raste- og overvintringsplads for vandfugle som troldand, taffeland, pibeand og knopsvane. Ynglefuglene omfatter toppet lappedykker og grønbenet rørhøne, og på Fugleø i Sortedams Sø har der i årevis været en skarvkoloni.
Københavns Indre Søer blev fredet i 1966. I fredningen indgår også skråningsarealerne mellem Søerne og de omkringliggende veje.
