Finansieringen af universitetet skete med private og kommunale midler, og med Undervisningsministeriets og Københavns Universitets tilslutning. Statslige bevillinger til »Universitetsundervisningen i Jylland« kom fra 1932 på Finansloven. Fra 1933 blev betegnelsen Aarhus Universitet anvendt. Statsbiblioteket i Aarhus (åbnet 1902), der var et centralt argument for placeringen af det jyske universitet i Aarhus, fungerer endnu som universitetsbibliotek. Statsbiblioteket er fra d. 1. januar 2017 sammenlagt med Det Kgl. Bibliotek.
Universitets-Samvirket og Aarhus Kommune havde frem til 1970 bestemmende indflydelse gennem det selvejende universitets bestyrelse. Herefter har Aarhus Universitet været en statslig institution. Aarhus Kommune betalte ikke blot lønningerne til de i begyndelsen fem ansatte, heraf én professor, men stillede også en stor grund til rådighed. Senere er tilkøbt yderligere jord, hvilket længe sikrede, at universitetet var én samlet campus.
Undervisningen i sprog og filosofi blev hurtigt suppleret med nye fagområder, delvis på privat initiativ og regning. Siden 1932 blev der undervist i teologi. Lægevidenskabelig undervisning fandt sted fra 1933. På det samfundsvidenskabelige område fandt økonomisk og juridisk undervisning sted fra 1936, suppleret med en uddannelse i statskundskab fra 1959 og psykologi fra 1968. I 1954 blev et selvstændigt naturvidenskabeligt fakultet oprettet.
Aarhus Universitets mulighed for prøveafholdelse, afholdelse af embeds- og kandidateksaminer, tildeling af doktorgrader mv. er kommet til successivt siden grundlæggelsen; en udvikling, der i det væsentlige var afsluttet i 1950’erne. Universitetet i Aarhus har således siden slutningen af 1950’erne været det fuldstændige universitet, som 1919-udvalget anbefalede, sammenligneligt og konkurrencedygtigt med Københavns Universitet. Siden er universitetet fusioneret med Århus Tandlægehøjskole (1992), Handels- og Ingeniørhøjskolen i Herning (2006), Handelshøjskolen i Århus, Danmarks JordbrugsForskning, Danmarks Miljøundersøgelser, Danmarks Pædagogiske Universitet (2007) og Ingeniørhøjskolen i Århus (2012).
Universitetet var i 2019 organiseret i fire fakulteter: Arts (Kulturvidenskab), Science and Technology (Naturvidenskab og Teknologi), Health (Sundhedsvidenskab) og Aarhus BSS (School of Business and Social Sciences – Erhverv & Samfundsvidenskab). Aarhus Universitet omfatter 28 institutter, hvoraf nogle af dem var hele indfusionerede institutioner, såsom Danmarks institut for Pædagogik og Uddannelse (DPU), beliggende i Emdrup i København. Dertil kommer en række grundforskningscentre og otte interdisciplinære forskningscentre, der kombinerer viden fra flere discipliner. Endelig har Aarhus Universitet et meget tæt samarbejde med tre selvejende museer – Naturhistorisk Museum, Den Gamle By og Moesgaard Museum – om undervisning og forskning.