Der findes i alt 2.174 søer i Faxe Kommune, og de dækker sammenlagt et areal på 381 ha. De største søer ligger ved Haslev. Blandt søerne findes en del karpe damme. Størstedelen af søerne er gamle mergelgrave, som ligger spredt ud over marklandskabet. Vandløbene i Faxe Kommune strækker sig over mere end 500 km, fordelt på 323,6 km åbne vandløb og 199,6 km rørlagte. Ca. 270 km er offentlige.
Der er udført flere restaureringsprojekter i kommunen, bl.a. strømkoncentratorer, gydebanker, brinksikring, opgravning af planten pindsvineknop, etablering af sandfang og plantning af skyggegivende træer. Den lokale forening Pionerer i Vandløbspleje (PIV) har bearbejdet mange vandløb for at forbedre gydemuligheder for havørred. Der er udlagt gydebanker og åbnet rørlagte strækninger. Det mest kendte projekt var ved Blåbæk Mølle, hvor man fik søen gravet større og etableret et nyt løb. De bedste ørredvandløb i kommunen er Vivede Mølleå, Egedebæk, Lilleå, Faxe Å og Herredsbæk, og derfor har de også været i fokus for PIV og deres mange vandløbsrestaureringer.
