Der findes omkring 60 navngivne skovarealer og mange mindre skovstykker i Faxe Kommune. Skovene dækker 21 % af kommunen, i alt 8.512 ha, hvoraf fredskov udgør 8.012 ha. De fleste af skovene er privatejede og præget af drift med skovhugst og jagtudlejning. Et lille hjørne af Faxe Kalkbrud er bevokset med skov og statsejet, og under 1 % af skovene er kommunale. I 2020 og i 2021 er der dog plantet folkeskove ved hhv. Haslev og Karise.
Skovene sydøst for Haslev ligger på sandede og ofte stærkt kuperede arealer, og her udspringer nogle af kommunens reneste vandløb. Helt særlige er kystskovene, hvor træerne står ud til skrænterne og styrter ned, når disse nedbrydes af bugtens bølger. Stammerne får lov til at ligge på stranden.
Der er mange rådyr, men også en del dådyr og et mindre antal krondyr. Ræve og grævlinger er de største rovdyr i skovene. Der yngler flere par havørne i kommunen. Sydvest for Rønnede findes en bestand af hasselmus.
