I Sorø Kommune er der registreret 2.013 søer, som dækker i alt 888 ha eller 3 % af kommunens samlede areal. De største søer er Sorøsøerne, Maglesø, Bromme Lillesø og Munke Bjergby Sø og del af Tystrup Sø. Der ligger mindre søer og mergelgrave drysset ud over hele landskabet, men tætheden er størst omkring de større søer, der samtidig omfatter kommunens mange råstof-graveområder.
Sorø Kommune ligger øverst i vandsystemerne og afvandes via 200 km offentlige vandløb, hvoraf de 67 km er hovedvandløbene: Åmose Å, Sandlyng Å, Tudeå, Tuelå og Suså. Mange af vandløbsstrækningerne har ringe fald og blød bund.
