Den ca. 15 ha store Maglesø ligger i Brorfeldemassivets kuperede landskab vest for Tølløse. Søen er opstået i et dødishul og har en middeldybde på 3,6 m og en størstedybde på 6 m. Oplandet er på blot 1 km2. Der er ingen tilløb til søen, som dog har udløb i øst til Truelsbæk, der løber nordøstpå til Tempelkrog.
På søens syd- og østside ligger skoven Grøntved Overdrev, mens skrænterne på nord- og vestsiden dækkes af mere eller mindre åbne overdrev. Dertil kommer et lille kærområde i søens sydvestlige ende. På nordsiden af søen lå der tidligere et traktørsted, som siden 2017 har været privat bolig.
Da der hverken gødes eller sprøjtes på de omkringliggende arealer, er Maglesø i dag en af Sjællands reneste søer. Vandplantelivet er rigt og omfatter bl.a. glinsende vandaks, brodbladet vandaks, kredsbladet vandranunkel, aks- og kranstusindblad, tornfrøet hornblad og stor kildemos. Flydebladsplanter som vandpileurt, frøbid, gul åkande og hvid nøkkerose ses ofte på vandoverfladen, og langs bredden er der flere steder rørsump af søkogleaks, tagrør, bred- og smalbladet dunhammer, gifttyde, gul iris og kærsvovlrod.
Der har tidligere været ålefiskeri i søen. Siden er opgangen af glasål dog reduceret betydeligt, både pga. ålens generelle tilbagegang og rørlægningen af en del af Truelsbæk. I dag er ålebestanden meget lille, og søens fiskebestand domineres af gedde, aborre og skalle.
Fuglelivet er også forholdsvis beskedent. Ynglefuglene omfatter toppet lappedykker og formentlig også vandrikse, men ellers ses de fleste fugle i vinterhalvåret, når mindre flokke af bl.a. taffeland, troldand, gråand, stor skallesluger og blishøne benytter søen som rasteplads. Maglesøs nordlige bred blev fredet i 1962, men det var først med fredningen af området omkring Sofieholm i 1974, at hele søen blev fredet.
