I den nordlige del af kommunen, mellem Jyderup og den sydligste del af Isefjord, består landskabet af et åbent sletteland i form af en svagt bølget moræneflade, som blev skabt inde under den fremrykkende is i slutningen af sidste istid og i dag ligger 15‑20 m.o.h. Nordvest for Hagested hælder terrænet gradvis ned mod den tørlagte Lammefjord, hvor en kanal leder afstrømningsvand ud til slusen ved Audebodæmningen.
Omkring Kundby, Stigs Bjergby og på den vestlige del af Tuse Næs brydes det jævne landskab af stejle bakker. Nogle af bakkerne, som Lundebjerg på 44 m ved Kundby, er kuplede, mens andre, som Hoftensbjerg på 58 m på Tuse Næs, har en plan top. Bakkerne er nogle steder trukket ud i isens bevægelsesretning fra øst mod vest og skaber en orientering i landskabet, hvilket bl.a. kan ses omkring Marke.
Vest og syd for det åbne sletteland ligger et småbakket dødislandskab, der præger landskabet i den sydlige del af kommunen. Det opleves tydeligst inden for et 3‑5 km bredt bælte, der strækker sig fra Føllenslev og Snertinge i Kalundborg Kommune, forbi Jyderup og Skarresø og videre syd om Mørkøv og Tølløse. Dødislandskabet afgrænses mod vest af Bjergsted Bakker i Kalundborg Kommune, mens det mod syd sænker sig brat ned mod den vidtstrakte Åmose, som ligger på tværs af grænsen til Sorø og Kalundborg Kommuner i syd. Mellem Dramstrup, Skamstrup og Bennebo domineres dødisterrænet af stejle, fladtoppede bakker, hvis toppe når højder på mere end 70 m. Blandt dem er Knøsen på 99 m sydvest for Skamstrup.
Omkring Brorfelde, mellem Mørkøv og Tølløse, bliver landskabet meget kuperet med talrige bakkeformationer, der kulminerer i kommunens højeste punkt, Mørkemose Bjerg 105 m.o.h. Mellem bakkerne ligger dalslugter og fladbundede sænkninger med moser og søer, hvoraf Maglesø er den største. Mellem Tølløse og Store Merløse ligger desuden et stort dødishul. På bunden af dødishullet finder man Tysinge Mose, der afvandes af Tysinge Å og Åmose Å.
Sydøst for Kirke Eskilstrup når enkeltbakkerne mellem de talrige afløbsløse lavninger op omkring 100 m.o.h. Heraf udgør Søbjerg på 103 m og den stejlrandede fladbakke Stestrup Bjerg på 102 m de højeste punkter. Øst for Tølløse falder terrænet brat ned mod den brede Elverdamsådal, som danner kommunens østgrænse mod Lejre Kommune.
Landskabet er også i høj grad præget af landskabsudviklingen efter istiden. Flader af hævede strand- og havbundsaflejringer kanter istidslandskabet ud mod Isefjords sydligste dele og fortsætter ind langs dens forgreninger i Lammefjord, Holbæk Fjord, Inderbredning og Tempelkrog. Den vestlige del af Lammefjord er en inddæmmet og tørlagt fjord.
