Holbæk Kommune har en 98 km lang kyst ud mod den indre del af Isefjord. Siden stenalderen har den relative landhævning i området ligget på 3‑3,5 m, og en stor del af kysten er derfor en beskyttet strandengs- eller tilgroningskyst. Nogle af kommunens mest eksponerede kyststrækninger findes på Orø, hvilket skyldes øens placering ude i fjorden. Ellers har det meste af kysten kun en beskeden eksponering mod alle andre retninger end vest.
Nordkysten af halvøen Tuse Næs vender ud mod Lammefjord, og mod vest ligger Audebodæmningen, som markerer grænsen for den afvandede, indre del af fjorden. Den fikserede munding af Sydkanal, der er en del af Lammefjords drænkanaler, danner overgangen mellem dæmningen og strandengskysten mod øst. Mellem Sydkanal i vest og Svolsbjerg i øst er kysten en mere eller mindre sammenhængende strandengskyst, og ofte når vegetationen næsten helt ud til vandet, så stranden bliver smal eller helt mangler. Langs hele kysten er der et 200‑300 m bredt bælte af sand med en del sten på strandplanet. Ud for Bjergskov ligger resterne af 7‑8 høfder, der ikke synes at have haft indflydelse på kystlinjens beliggenhed. Ved Svolsbjerg er der dannet en bred krumodde med en fin sandstrand.
Den østlige del af Tuse Næs vender ud mod Isefjord, og mens den nordlige del er eksponeret mod nordnordøst, ligger den sydlige del i læ af Orø. Kysten mellem Svolsbjerg og Hønsehalsen er en lavenergikyst med en smal gruset strand og 2‑5 revler langs kysten. Hønsehalsen er et fed, dvs. en oddetype med en smal indre del og en bred ydre del. Den består af strandvolde og krumodder, der vidner om en sydgående sedimenttransport. I bugten samt på strækningen frem til Bognæs Skov er kysten en tilgroningskyst. Ved Bognæs Skov er den østvendte kyst retlinet med en lille odde i hver ende, hvilket viser, at sedimenttransporten her går begge veje.
Kysten fra Tornehage til Holbæk ligger ud til Holbæk Fjord og er en tilgroningskyst uden strandbred, en rigtig lavenergikyst. Fjordens sydkyst er præget af Holbæk, som når helt ud til vandet. Her er kysten reguleret og erstattet af kajanlæg mv. hele vejen til Holbæk Marina. Nordøst for marinaen ligger Kirsebærholmen, der er endnu et fed, men ellers er de fleste af de oprindelige kystformer i dag skjult af Holbæk Golfklub.
Syd for Kirsebærholmen er kysten en tilgroningskyst, som strækker sig ned til midt for Dragerup Skov, hvor det høje bagland når ud til kysten. Herfra og ned til Bredetved Strand bliver kysten stejl og strandbredden smal. Fra Bredetved Strand til kommunegrænsen i syd er kysten overvejende en tilgroningskyst med et uregelmæssigt forløb.
Fladkysterne i Isefjord er udsatte for oversvømmelser i forbindelse med stormfloder fra nord. Det var fx tydeligt under stormen Bodil i 2013, hvor vandstanden ved Holbæk nåede 1,94 m op over dagligt vande (DVR90), og mange af kommunens lavtliggende kyststrækninger kom under vand.
