Tønder Kommune har i alt 4.770 søer på mindst 100 m2. Tilsammen dækker de et areal på 918 ha, svarende til blot 0,7 % af kommunens areal. Søerne er generelt små, og da 98 % af dem er mindre end 1 ha, må hovedparten anses for vandhuller. Af de 96 søer, som er større end 1 ha, er det kun syv, der har et areal på mere end 10 ha. Mange af søerne og vandhullerne er menneskeskabte og opstået i forbindelse med fx tørvegravning, mergelgravning og klæggravning eller anlagt som vandforsyning til husdyr eller som reservoirer langs åløb. Det gælder stort set alle de store søer, heriblandt Saltvandssøen, som med et areal på ca. 246 ha er kommunens største. Søen blev anlagt i Margrethe Kog 1983‑84 som en kompensation for det tab af natur, som det nybyggede Fremskudte Dige medførte. Kommunens næststørste sø er den ca. 50 ha store Nørresø syd for Tønder. Den blev afvandet omkring 1930, men genskabt i 2009. Herefter følger reservoiret på ca. 31 ha ved Vidå Sluse samt Rudbøl Sø, hvoraf det dog kun er ca. 25 ha af det samlede søareal på ca. 55 ha, der ligger i kommunen. Ligesom Nørresø er de udposninger på Vidå, hvilket har ført til en betydelig næringsbelastning og en deraf følgende tilgroning med tagrør.
I Tønder Kommune er der desuden 3.000 km private og ca. 1.500 km offentlige vandløb. De fire største åsystemer udgøres af Vidå, Brede Å, Brøns Å og Rejsby Å, som tilsammen har et opland, der strækker sig langt ud over kommune‑ og landegrænsen. Mange af vandløbene er belastede af okker, som er iltede jernforbindeser, der udvaskes og lægger sig som et rustrødt lag på bunden og planterne. Problemet skyldes især en kraftig dræning af landbrugsjorderne og en omfattende vandløbsregulering. Okkerudvaskningen finder især sted i vinterhalvåret, men kan også opstå lokalt i forbindelse med oprensning af grøfter og vandløb eller spuling af drænsystemer.