Fredericia er en usædvanlig dansk by. Den blev anlagt ved Lillebælts kystlinje på et sted, hvor der tidligere ikke var nogen egentlig beboelse. Hovedformålet med byen var dens funktion som fæstning. Denne fæstningskulle dog være knyttet til en by, og Frederik d. 3. havde store planer med grundlæggelsen af sin nye by omkring 1650, hvor byen også blev købstad. Byen fik navnet Bersodde efter området. Det blev snart til Frederiksodde (opkaldt efter kongen) og i 1664 til Fredericia. De omkringliggende landsbyer blev beordret nedlagt, og bondegårdenes beboere fik besked på at flytte til den nye by. Planerne var omfattende med bl.a. kanaler, en børs og et kongeslot. Danmark var dog forarmet efter 1600-tallets krige, og byen havde svært ved at lokke folk til at flytte dertil. I 1674 og igen i 1682 søgte kongen at hjælpe ved at udstede en række privilegier og tilstede Fredericia asylret og rettighed som religiøs fristad. Befolkningen blev derfor temmelig sammensat. Der var bønder fra omegnens nedlagte landsbyer, udenlandske hvervede soldater, tilflyttede fallenter og kriminelle fra det øvrige Danmark og borgere fra forskellige egne af Europa, der kom hertil for at dyrke deres tro i fred. Det drejede sig om katolikker, jøder og huguenotter. Frem mod midten af 1800-tallet var Fredericia en fæstnings- og garnisonsby, der med sit store jordtilliggende havde flere ligheder med en landsby end med en traditionel købstad med handel og håndværk. Indbyggertallet voksede fra 3.066 i 1787 til 5.579 i 1855.
Efter krigen i 1864 mistede Fredericia sin betydning som fæstning. I stedet udviklede byen sig mod mere og mere industri samt som et trafikalt knudepunkt, efter at jernbanen kom til i 1866. Snart var Fredericia desuden færgestedet for jernbanefærgen mellem Fyn og Jylland. I årene fra midten af 1800-tallet til op i 1900-tallet blev midtbyen mere præget af store industrivirksomheder, af havnen, der var blevet nyanlagt i 1808, og af dens funktion som en etatsby for DSB og postvæsenet. Indbyggertallet lå i 1901 på 12.714.
I første halvdel af 1900-tallet voksede Fredericia kraftigt. Fæstningen blev nedlagt med hærreformen i 1909, og nedlæggelsen betød, at man for første gang måtte bygge og bo uden for voldene, hvilket der var et stort behov for. I 1920 var byområdet inden for voldene fuldt udbygget, og nu opstod der nye boligområder uden for voldene. Indbyggertallet voksede fra 17.240 i 1921 til 25.981 i 1950 for i 1970 at være nået op på 36.157.
Byen tiltrak mange arbejdere, som bosatte sig her. De kunne bl.a. finde arbejde på virksomheder som Superfos og skibsværftet og i sølvindustrien, klædefabrikkerne, tobaksproduktionen (fx Schmidts Cigar- og Tobaksfabrik) og metalvareproduktionen. Fra 1960’erne opførte Shell desuden et stort raffinaderi i Fredericia, og Carlsberg opførte i 1970’erne et stort bryggeri. Disse store virksomheder medførte til gengæld en stor grad af forurening.
Fredericia forstod således mere og mere at udnytte sin geografiske placering i centrum af Danmark som en korsvej både mod nord og syd samt øst og vest. Jernbanen blev udbygget, og da den gamle Lillebæltsbro i 1935 blev indviet, blev der også opført en ny stor banegård. Fra 1960 blev også havnen udvidet.
Ved år 2000 havde Fredericia endnu en gang ændret karakter. Den store industri med eksempelvis komfurfabrikken Voss, gødningsfabrikken Kemira og skibsværftet blev lukket eller flyttet væk fra midtbyen. Byens industri og transport- og logistikvirksomheder er flyttet ud mod motorvejsnettet, hvor området kaldes for DanmarkC. Efter et fald eller stagnation i befolkningstallet siden 1970 steg tallet igen i 1990’erne og lå i 2006 på 37.074. Midtbyen blev i højere grad præget af kultur med Fredericia Teaters store musicals og af kulturhistorien omkranset af Fredericia Vold.