Glenstrup Sø ligger i en tunneldal syd for Hobro og er med sine knap 384 ha en af Nordjyllands største søer. Den har en størstedybde på næsten 31 m, hvilket samtidig gør den til en af landets dybeste. Søen modtager vand fra kilder langs søen samt fra Østerkær Bæk, som løber ind i søens østlige ende. Mod vest afvandes søen af Kongsvad Mølleå, som er en del af Skals Å-systemet.
Landskabet omkring Glenstrup Sø er hovedsagelig fladt landbrugsland. Ved søens nordlige ende findes dog flere vandløbsslugter, som har fine rigkær med bl.a. leverurt, engblomme og stivtoppet rørhvene. Ud over en række almindelige vandplanter rummer søen også mere sjældne arter som trådvandaks og strandvandranunkel.
Der er gode bestande af ørred, gedde, aborre og helt i søen. Tidligere blev der især fisket efter ål, og indtil forsommeren 2017 lå der en ålekiste ved udløbet i vest. Om vinteren, når søen er dækket af is, er den også populær blandt isfiskere.
Toppet lappedykker er den talrigeste fugl på søen om sommeren, men ellers er antallet af ynglefugle ret begrænset. Til gengæld tiltrækker Glenstrup Sø om vinteren flokke af bl.a. grå- og canadagås, stor skallesluger og hvinand. Af og til besøger også havørn og nordisk lappedykker søen. Ved udløbet i Kongsvad Mølleå kan man om vinteren ofte se både vandstær og isfugl, og chancerne for at opleve de oddere, som yngler i og ved søen, er størst her.
Glenstrup Sø indgår i habitatområdet Lovns Bredning, Hjarbæk Fjord og Skals, Simested og Nørre Ådale samt Skravad Bæk.
