Mariagerfjord Kommune har store natur- og rekreative værdier, som dog påvirkes i større eller mindre grad af især byudviklingen og landbruget. Det kommer bl.a. til udtryk i ådalene, som er påvirket af næringsstoffer fra de omkringliggende landbrugsarealer, ligesom ophør eller reduktion af græsning betyder, at de lysåbne naturtyper bliver færre.
Det vil kommunen udbedre ved bl.a. at sikre naturpleje og begrænse belastningen med sprøjtemidler og næringsstoffer.
Også Mariager Fjord har været hårdt belastet med næringsstoffer. Siden midten af 1980’erne er tilførslen af kvælstof og fosfor dog faldet med hhv. 15 % og 70 %, og vandkvaliteten er kraftigt forbedret. I dag kan man bade flere steder, ligesom lystfiskeri efter især havørred hvert år tiltrækker mange turister.
Rent badevand er en vigtig rekreativ ressource for kommunen, og ud over i Mariager Fjord er der badesteder i fire søer samt langs østkysten. Mariagerfjord Kommune har erstattet Blå Flag-ordningen med Badevandsflaget, som i 2016 vajede over seks af kommunens strande.
Naturbeskyttelse, fredninger og Natura 2000
Ud fra den seneste opgørelse fra 2013 er 6.957 områder i Mariagerfjord Kommune beskyttet efter Naturbeskyttelseslovens § 3. Områderne knytter sig især til ådalene, kysterne og de kuperede landskaber, hvor opdyrkning har været vanskelig. Med hhv. 2.183 og 2.217 ha udgør enge og moser den største andel af § 3-områderne.
Der er 27 fredede naturområder i Mariagerfjord Kommune. Blandt dem er den 7.700 ha store fredning af Lille Vildmose, hvis sydlige del ligger i Mariagerfjord Kommune. Derudover har kommunen to vildtreservater, som først og fremmest skal beskytte fuglelivet i Mariager Fjord.
En del af kommunen er desuden beskyttet af EU’s fuglebeskyttelses- og habitatdirektiver. De omfatter otte habitatområder, fire fuglebeskyttelsesområder og et Ramsarområde. De tre habitatområder Øster Lovnkær, Kielstrup Sø og Villestrup Ådal ligger alene i Mariagerfjord Kommune, mens de resterende områder deles med nabokommunerne.
